PDB-1vq1: Crystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vq1

タイトル

Crystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1.1.-) (TM0488) from Thermotoga maritima at 2.80 A resolution

要素

N5-glutamine methyltransferase, HemK

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / TM0488 / N5-glutamine methyltransferase / HEMK(EC 2.1.1.-) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide chain release factor N5-glutamine methyltransferase / protein-(glutamine-N5) methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / primary metabolic process /

メチル化 /

nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of N5-glutamine methyltransferase, HemK(EC 2.1.1.-) (TM0488) from Thermotoga maritima at 2.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vq1.cif.gz	116.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vq1.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nv8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fut-1 4qrm-11 1nv9-d 4qrm-5 4qrm-9 4qrm-2 4qrm-8 2pyg-1 4qrm-4 4zeo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282361

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N5-glutamine methyltransferase, HemK

B: N5-glutamine methyltransferase, HemK

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-glutamine methyltransferase, HemK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N5-glutamine methyltransferase, HemK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.973, 58.611, 85.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	12 - 85	24 - 97
2	1	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	12 - 85	24 - 97
1	2	LYS	LYS	SER	SER	A	A	86 - 282	98 - 294
2	2	LYS	LYS	SER	SER	B	B	86 - 282	98 - 294

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	N5-glutamine methyltransferase, HemK 分子量: 33349.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0488 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WYV8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 5.0% MPD, 10.0% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→36.09 Å / Num. obs: 15828 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 74.56 Å² / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 884 / R_sym value: 0.463 / % possible all: 73.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1nv8

1nv8

解像度: 2.8→36.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 42.973 / SU ML: 0.375 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DUE TO LACK OF DENSITY, THE FOLLOWING REGIONS WERE NOT MODELED: A/B1-11, A207-211, B205-211. SAM MODELED BASED ON RELATED STRUCTURE (1NV8)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27281	801	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20824	-	-	-
obs	0.21156	15024	95.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5 Å²	0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	-7.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4116	0	54	7	4177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	2.002	5728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.78	3	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.197	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.817	23.146	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.375	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.09	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.352	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.995	3	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.383	3	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.394	5	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.285	8	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.495	11	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	2117

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	435	tight positional	0.03	0.05
1	688	medium positional	0.31	0.5
1	435	tight thermal	0.11	0.5
1	688	medium thermal	0.58	2
2	1117	tight positional	0.04	0.05
2	1749	medium positional	0.36	0.5
2	1117	tight thermal	0.14	0.5
2	1749	medium thermal	0.76	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	53	6.02 %
R_work	0.346	827	-
obs	-	-	72.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0832	0.1555	-2.3971	11.4257	1.8002	9.7491	0.5264	0.45	0.3394	-0.6257	-0.1156	-0.2067	0.0728	-0.1706	-0.4109	-0.0491	0.0373	-0.2921	-0.0124	0.1524	-0.2841	6.9881	11.9553	9.8928
2	3.9033	0.1722	1.4396	5.8365	-1.3302	8.0099	0.1494	-0.2047	-0.0598	0.1087	0.2699	0.7238	0.1546	-1.1116	-0.4193	-0.4297	-0.0136	-0.0507	-0.3434	0.0767	-0.3085	10.1764	-3.239	38.6992
3	12.3897	-4.567	2.9977	28.3096	2.6181	29.8229	0.805	-0.5403	1.2476	1.317	-1.2841	0.1522	-2.4636	-1.783	0.4791	0.1358	-0.0728	0.2074	-0.0752	0.1388	0.2046	5.4521	-28.0856	15.6415
4	5.7876	0.3821	-0.8862	8.9155	-1.3277	5.2313	-0.1632	0.7347	0.2623	-0.0645	0.5323	1.2155	0.0553	-0.5838	-0.369	-0.3091	-0.0006	0.0578	-0.3599	0.0997	-0.0858	26.104	-13.4976	-5.3668

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	12 - 85	24 - 97
2	2	A	A	86 - 282	98 - 294
3	3	B	B	12 - 85	24 - 97
4	4	B	B	86 - 282	98 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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