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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vp8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF an alpha/beta domain of a putative pyruvate kinase (AF0103) FROM ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 AT 1.30 A RESOLUTION | ||||||
要素 | hypothetical protein AF0103仮説 | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / PUTATIVE PYRUVATE KINASE (ピルビン酸キナーゼ) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_068944.1) from Archaeoglobus fulgidus at 1.30 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vp8.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vp8.ent.gz | 40.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vp8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vp8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22697.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 株: DSM 4304 / 遺伝子: NP_068944.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30133 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 50.0% PEG-200, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月28日 | ||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.3→24.9 Å / Num. obs: 66691 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 18.46 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 21.9 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4852 / Rsym value: 0.974 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.004 / SU ML: 0.022 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AN UNKNOWN LIGAND HAS BEEN MODELED NEAR THE FMN GROUP.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.017 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 41.035 Å / Origin y: 8.271 Å / Origin z: 23.207 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |