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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vlq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acetyl xylan esterase (TM0077) from Thermotoga maritima at 2.10 A resolution | ||||||
要素 | acetyl xylan esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TM0077 / ACETYL XYLAN ESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xylan metabolic process / cephalosporin C metabolic process / セファロスポリンCデアセチラーゼ / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / アセチルキシランエステラーゼ / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / calcium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: Functional and structural characterization of a thermostable acetyl esterase from Thermotoga maritima. 著者: Levisson, M. / Han, G.W. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Biely, P. / Hendriks, S. / Ten Eyck, L.F. / Flensburg, C. / Roversi, P. / Miller, M.D. / McMullan, D. / von Delft, F. / Kreusch, A. / ...著者: Levisson, M. / Han, G.W. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Biely, P. / Hendriks, S. / Ten Eyck, L.F. / Flensburg, C. / Roversi, P. / Miller, M.D. / McMullan, D. / von Delft, F. / Kreusch, A. / Deacon, A.M. / van der Oost, J. / Lesley, S.A. / Elsliger, M.A. / Kengen, S.W. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vlq.cif.gz | 799.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vlq.ent.gz | 670 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vlq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PHE / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 320 / Label seq-ID: 16 - 332
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38991.184 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WXT2, セファロスポリンCデアセチラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: 20% PEG-300, 10% glycerol, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2 0.2 M (NH4)2SO4 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月2日 | ||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→29.56 Å / Num. obs: 293140 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.49 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 30908 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 67.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.076 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.17 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE ACTIVE SITE TRIAD CONSISTS OF SER188, HIS303 AND ASP274. THE ELECTRON DENSITY SUGGESTED THERE COULD EXIST A PARTIALLY OCCUPIED ACYL ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE ACTIVE SITE TRIAD CONSISTS OF SER188, HIS303 AND ASP274. THE ELECTRON DENSITY SUGGESTED THERE COULD EXIST A PARTIALLY OCCUPIED ACYL INTERMEDIATE ON SER188. HOWEVER, IT IS NOT CONCLUSIVE. AS A RESULT, WATER MOLECULES WERE MODELLED. 3. THERE IS SOME UNEXPLAINED DENSITY NEAR N-TERMINUS 4. RESIDUES 134,135 OF CHAIN D,H,I,J,K,L HAVE POOR DENSITY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.959 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.56 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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