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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vli | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE (BSU37870) from Bacillus subtilis at 2.38 A resolution | ||||||
要素 | Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / 2636322 / SPORE COAT POLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN SPSE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / BSU37870 / SPSE / PSI / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acylneuraminate-9-phosphate synthase activity / グリコシル化 / carbohydrate biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Spore coat polysaccharide biosynthesis protein spsE (BSU37870) from Bacillus subtilis at 2.38 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vli.cif.gz | 82.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vli.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vli.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vli | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42867.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spsE, ipa-67d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39625 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 18% PEG MME 2000, 0.04M Tris_base, 0.06M Tris Cl , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月20日 / 詳細: ADSC Flat mirror | ||||||||||||||||||
放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.38→29.29 Å / Num. obs: 24673 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 61.62 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3515 / Rsym value: 0.7 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.38→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 17.689 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.201 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. A LOW OCCUPIED ZINC WAS TENATIVELY MODELLED TO COORDINATE HIS214 and HIS236 2. THE DENSITY BETWEEN 64-74 APPEARS TO BE CONTINUOUS, HOWEVER, IT IS IMPOSSIBLE TO BUILD ALL THE MISSING ...詳細: 1. A LOW OCCUPIED ZINC WAS TENATIVELY MODELLED TO COORDINATE HIS214 and HIS236 2. THE DENSITY BETWEEN 64-74 APPEARS TO BE CONTINUOUS, HOWEVER, IT IS IMPOSSIBLE TO BUILD ALL THE MISSING RESIDUES INTO IT. AS A RESULT, ATOMIC COORDINATES WERE NOT MODELED INTO THIS DENSITY. 3. DIFFICULT TO BUILD LOOPS: 216-220, 244-248. 4. LOOP WITH POOR DENSITY: 293-297. 5. OLIGOMERIC STATE WAS TENATIVELY ASSIGNED AS MONOMER.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.978 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→29.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.3153 Å / Origin y: 27.0739 Å / Origin z: 82.8304 Å
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |