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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vcj | |||||||||
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タイトル | Influenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-pentylamino)phenyl)-5-aminomethyl-5-hydroxymethyl-pyrrolidin-2-one | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASEノイラミニダーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / benzoic acid inhibitors / small molecule inhibitor / protein-inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Lommer, B.S. / Ali, S.M. / Bajpai, S.N. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: A benzoic acid inhibitor induces a novel conformational change in the active site of Influenza B virus neuraminidase. 著者: Lommer, B.S. / Ali, S.M. / Bajpai, S.N. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vcj.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vcj.ent.gz | 68.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vcj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/1vcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/1vcj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43331.234 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 78-466 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus BB型インフルエンザウイルス 生物種: Influenza B virusB型インフルエンザウイルス 株: B-LEE-40 / 参照: UniProt: P03474, ノイラミニダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-IBA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 3350, sodium chloride, sodium nitrate, calcium chloride, sodium azide, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年10月6日 |
放射 | モノクロメーター: graphite monochromator, 0.3 mm pinhole collimator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 20397 / Num. obs: 18434 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 63.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 63.2 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→6 Å / 交差検証法: THROUGHUOT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |