PDB-1v4g: Crystal Structure of gamma-Glutamylcysteine Synthetase from Esche...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v4g

タイトル

Crystal Structure of gamma-Glutamylcysteine Synthetase from Escherichia coli B

要素

Glutamate--cysteine ligase

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / glutathione regulation /

beta barrel (Βバレル) /

peptide synthesis (ペプチド合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate-cysteine ligase /

glutamate-cysteine ligase activity / cellular response to mercury ion / glutathione biosynthetic process / cellular response to arsenic-containing substance / hyperosmotic response /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hibi, T. / Nii, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hiratake, J. / Oda, J.

引用

ジャーナル: PROC.NATL.ACAD.SCI.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of gamma-glutamylcysteine synthetase: insights into the mechanism of catalysis by a key enzyme for glutathione homeostasis
著者: Hibi, T. / Nii, H. / Nakatsu, T. / Kimura, A. / Kato, H. / Hiratake, J. / Oda, J.

履歴

登録	2003年11月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v4g.cif.gz	396.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v4g.ent.gz	326.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1va6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d32-d 2d33-d 5un1-1 22283 3k71-2 3k6s-3 1aoz-2 4jsp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate--cysteine ligase

B: Glutamate--cysteine ligase

C: Glutamate--cysteine ligase

D: Glutamate--cysteine ligase

233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	326.818, 326.818, 104.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH
2	1	A-633- HOH
3	1	A-672- HOH

#1: タンパク質	Glutamate--cysteine ligase / Gamma-glutamylcysteine synthetase / Gamma-ECS / GCS 分子量: 58296.859 Da / 分子数: 4 / 変異: C106S, C164S, C205S, C232S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GSH-I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A6W9, glutamate-cysteine ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glutamate--cysteine ligase / Gamma-glutamylcysteine synthetase / Gamma-ECS / GCS

分子量: 58296.859 Da / 分子数: 4 / 変異: C106S, C164S, C205S, C232S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GSH-I / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A6W9,

glutamate-cysteine ligase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	1	0.9726
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	0.9792, 0.9794, 0.9839

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2002年3月21日
MARRESEARCH	2	CCD	2001年3月13日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	rotated-inclined double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	rotated-inclined double-crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9726	1
2	0.9792	1
3	0.9794	1
4	0.9839	1

反射

解像度: 2.5→48.7 Å / Num. all: 144157 / Num. obs: 144157 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 56.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 14422 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 6.407 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23601	7235	5 %	RANDOM
R_work	0.2058	-	-	-
obs	0.2073	136910	99.9 %	-
all	-	136910	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0.24 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.385 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15901	0	0	313	16214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	16250
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	14741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.764	1.958	22011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.787	3	34126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.954	5	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	18210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.3	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.3	16312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.133	0.5	8107
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.5	887
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.3	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.343	0.3	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.458	2	10056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.753	3	16106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.737	2	6194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.257	3	5905

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	516	-
R_work	0.287	10102	-
obs	-	10102	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4326	0.289	-0.1002	0.7597	0.1125	0.436	-0.0053	-0.208	0.04	-0.0262	-0.0234	0.0185	-0.1014	0.0288	0.0287	0.1672	-0.0184	-0.0242	0.129	0.0144	0.1994	4.617	28.154	19.006
2	0.7425	0.2706	0.1943	1.2691	0.039	1.0657	-0.0704	0.1122	0.117	-0.1659	0.0156	-0.0808	-0.1727	0.0143	0.0548	0.2715	-0.0609	-0.0491	0.0526	0.0356	0.1844	21.117	70.395	7.091
3	1.4576	0.6075	0.1297	1.5288	0.0675	0.6775	0.1046	0.0151	-0.2543	0.088	-0.016	-0.1957	0.0358	0.0649	-0.0885	0.118	-0.1334	-0.0757	0.1827	0.0194	0.1852	51.729	53.614	45.626
4	0.4466	0.038	0.1957	0.4911	-0.083	2.4398	-0.0221	0.0136	-0.0663	0.1055	-0.0521	0.0373	0.0449	-0.1126	0.0743	0.2227	-0.0887	0.048	0.1089	-0.0163	0.1254	14.009	38.102	67.839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 518	1 - 518
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 518	1 - 518
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 518	1 - 518
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 518	1 - 518

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)