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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v27 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the first C2 domain of RIM2 | ||||||
要素 | Regulating synaptic membrane exocytosis protein 2 | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / C2 / exocytosis (エキソサイトーシス) / Rab3-interacting molecule / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeleton of presynaptic active zone / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / regulation of exocytosis / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / insulin secretion / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone ...cytoskeleton of presynaptic active zone / spontaneous neurotransmitter secretion / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / regulation of exocytosis / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / insulin secretion / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission / regulation of membrane potential / cell projection / intracellular protein transport / regulation of synaptic plasticity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / small GTPase binding / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / 細胞分化 / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Solution structure of the first C2 domain of RIM2 著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v27.cif.gz | 896.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v27.ent.gz | 750.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v27.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/1v27 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16451.578 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: Kazusa cDNA KIAA0751 / プラスミド: P020930-02 / 参照: UniProt: Q9UQ26 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.1mM 13C/15N-labeled protein; 20mM TRIS-d11, 100mM NaCl, 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |