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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uvh | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Dps from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | STARVATION-INDUCED DNA PROTECTING PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA PROTECTION FROM OXIDATIVE DAMAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / 核様体 / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ilari, A. / Ceci, P. / Falvo, E. / Chiancone, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Reassessment of Protein Stability, DNA Binding, and Protection of Mycobacterium Smegmatis Dps. 著者: Ceci, P. / Ilari, A. / Falvo, E. / Giangiacomo, L. / Chiancone, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uvh.cif.gz | 133.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uvh.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uvh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/1uvh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dpsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20298.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VP75, UniProt: P0C558*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: HEPES 0.1 M, IN A PH RANGE BETWEEN 7.0-7.8. AMMONIUM SULFATE IN A RANGE BETWEEN 1.5-2.0 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 |
検出器 | 日付: 2003年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 22346 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DPS 解像度: 2.8→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: COORDINATES FOR A COMPLETE DODECAMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS ...詳細: COORDINATES FOR A COMPLETE DODECAMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATIONS GIVEN BELOW TO THE TETRAMER OF THE ASYMMETRIC UNIT: SYMGEN X,Y,Z SYMGEN Y-X, 1-X,Z SYMGEN 1-Y,1+X-Y,Z
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
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