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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ujt | ||||||
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タイトル | Solution structure of the second fibronectin Type III domain of human KIAA1568 protein | ||||||
要素 | KIAA1568 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / fibronectin type III domain (フィブロネクチンIII型ドメイン) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / ROBO receptors bind AKAP5 / axon guidance receptor activity / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation ...olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / ROBO receptors bind AKAP5 / axon guidance receptor activity / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / metanephros development / aortic valve morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / axon midline choice point recognition / aorta development / ureteric bud development / positive regulation of axonogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axolemma / cellular response to hormone stimulus / central nervous system development / 軸索誘導 / brain development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / 細胞接着 / 走化性 / 細胞膜 / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Tochio, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the second fibronectin Type III domain of human KIAA1568 protein 著者: Tochio, N. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ujt.cif.gz | 728.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ujt.ent.gz | 607.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ujt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13349.906 Da / 分子数: 1 / 断片: FN3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: Kazusa cDNA fh22308 / プラスミド: P021007-59 / 参照: UniProt: Q9HCK4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.0mM FN3 domain U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |