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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uch | ||||||
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タイトル | DEUBIQUITINATING ENZYME UCH-L3 (HUMAN) AT 1.8 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | UBIQUITIN C-TERMINAL HYDROLASE UCH-L3 | ||||||
キーワード | CYSTEINE PROTEASE (システインプロテアーゼ) / DEUBIQUITINATING ENZYME (脱ユビキチン化酵素) / UBIQUITIN (ユビキチン) / C-TERMINAL HYDROLASE / UBIQUITIN CONJUGATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deNEDDylase activity / protein deubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / post-translational protein modification / ubiquitin binding / protein catabolic process / UCH proteinases / Neddylation / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...deNEDDylase activity / protein deubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / post-translational protein modification / ubiquitin binding / protein catabolic process / UCH proteinases / Neddylation / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / protein ubiquitination / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Johnston, S.C. / Larsen, C.N. / Cook, W.J. / Wilkinson, K.D. / Hill, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of a deubiquitinating enzyme (human UCH-L3) at 1.8 A resolution. 著者: Johnston, S.C. / Larsen, C.N. / Cook, W.J. / Wilkinson, K.D. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uch.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uch.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1uch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/1uch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26213.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: HEMATOPOETIC / 細胞株: B834 (DE3) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / プラスミド: PRSL3 / 細胞株 (発現宿主): B834 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GAL-MET- AUXOTROPH / 参照: UniProt: P15374, EC: 3.1.2.15 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PROTEIN AT 12 MG/ML WAS CRYSTALLIZED FROM 26%(W/W) PEG 4000, 200 MM SODIUM ACETATE, 100 MM PIPES PH 6.7 AND 10 MM DTT IN SITTING WELLS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 23334 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 93 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THERE IS A DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUES 146 AND 167.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.358 |