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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uaa | ||||||
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タイトル | E. COLI REP HELICASE/DNA COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / COMPLEX (HELICASE-DNA) / HELICASE (ヘリカーゼ) / DNA UNWINDING / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type DNA replication / 相同組換え / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA helicase activity / response to radiation / single-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / DNA修復 ...bacterial-type DNA replication / 相同組換え / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA helicase activity / response to radiation / single-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / DNA修復 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Korolev, S. / Waksman, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Major domain swiveling revealed by the crystal structures of complexes of E. coli Rep helicase bound to single-stranded DNA and ADP. 著者: Korolev, S. / Hsieh, J. / Gauss, G.H. / Lohman, T.M. / Waksman, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uaa.cif.gz | 262.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uaa.ent.gz | 212.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uaa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/1uaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/1uaa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4822.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 77042.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 参照: UniProt: P09980, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 57472 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 434546 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→15 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(I): 2 / Rfactor all: 0.235 / Rfactor obs: 0.228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.918 |