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万見
- PDB-1u39: Auto-inhibition Mechanism of X11s/Mints Family Scaffold Proteins ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u39
タイトルAuto-inhibition Mechanism of X11s/Mints Family Scaffold Proteins Revealed by the Closed Conformation of the Tandem PDZ Domains
要素amyloid beta A4 precursor protein-binding, family A, member 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / X11s/Mints / PDZ domain (PDZドメイン) / scaffold protein (足場タンパク質) / protein trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport ...gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / シナプス小胞 / nervous system development / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / 遺伝子発現の調節 / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / 樹状突起スパイン / 細胞接着 / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン ...Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Long, J.-F. / Chan, L.-N. / He, C. / Fu, A. / Xia, J. / Ip, N.Y. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Autoinhibition of X11/Mint scaffold proteins revealed by the closed conformation of the PDZ tandem
著者: Long, J.-F. / Feng, W. / Wang, R. / Chan, L.-N. / Ip, F.C. / Xia, J. / Ip, N.Y. / Zhang, M.
履歴
登録2004年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amyloid beta A4 precursor protein-binding, family A, member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7201
ポリマ－8,7201
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 amyloid beta A4 precursor protein-binding, family A, member 1 / X11alpha/Mint1 / phosphotyrosine-binding/-interacting domain (PTB)-bearing protein / neuronal ...X11alpha/Mint1 / phosphotyrosine-binding/-interacting domain (PTB)-bearing protein / neuronal munc18-1-interacting protein 1 / neuron-specific X11 protein / adaptor protein X11alpha


分子量: 8720.254 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02410

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
122HNCO, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1333D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM uniformly 15N labelled PDZ2 in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
21.0mM uniformly 15N/13C labelled PDZ2 in 90% H2O, 10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.0mM uniformly 15N/13C labelled PDZ2 in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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