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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u39 | ||||||
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タイトル | Auto-inhibition Mechanism of X11s/Mints Family Scaffold Proteins Revealed by the Closed Conformation of the Tandem PDZ Domains | ||||||
要素 | amyloid beta A4 precursor protein-binding, family A, member 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / X11s/Mints / PDZ domain (PDZドメイン) / scaffold protein (足場タンパク質) / protein trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport ...gamma-aminobutyric acid secretion / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / glutamate secretion / axo-dendritic transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / presynaptic active zone membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / locomotory behavior / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / multicellular organism growth / シナプス小胞 / nervous system development / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / 遺伝子発現の調節 / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / 樹状突起スパイン / 細胞接着 / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Feng, W. / Long, J.-F. / Chan, L.-N. / He, C. / Fu, A. / Xia, J. / Ip, N.Y. / Zhang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Autoinhibition of X11/Mint scaffold proteins revealed by the closed conformation of the PDZ tandem 著者: Long, J.-F. / Feng, W. / Wang, R. / Chan, L.-N. / Ip, F.C. / Xia, J. / Ip, N.Y. / Zhang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u39.cif.gz | 486.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u39.ent.gz | 406.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/1u39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/1u39 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8720.254 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02410 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |