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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u0s | ||||||
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タイトル | Chemotaxis kinase CheA P2 domain in complex with response regulator CheY from the thermophile thermotoga maritima | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / protein-protein complex / alpha/beta sandwich / signaling complex / transient interaction / transient complex of thermostable proteins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / protein domain specific binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Park, S.Y. / Beel, B.D. / Simon, M.I. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: In different organisms, the mode of interaction between two signaling proteins is not necessarily conserved 著者: Park, S.Y. / Beel, B.D. / Simon, M.I. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u0s.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u0s.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/1u0s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4tmyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | one CheY-CheA complex per asymmetric unit. One CheY + One CheA P2 constitutes the Biological Assemnbly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12974.379 Da / 分子数: 1 / 断片: response regulatory domain, CheY response regulator / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: chey / プラスミド: pET28a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56312 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9982.597 Da / 分子数: 1 / 断片: CheA histidine kinase P2 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: chea / プラスミド: pET28a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q56310, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25-30% PEG 12K, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 135698 / Num. obs: 20993 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1028 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TMY 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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