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- PDB-1txu: Crystal Structure of the Vps9 Domain of Rabex-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1txu
タイトルCrystal Structure of the Vps9 Domain of Rabex-5
要素Rab5 GDP/GTP exchange factor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / VPS9 DOMAIN / RAB5 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of mast cell cytokine production ...dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of mast cell cytokine production / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of Ras protein signal transduction / protein targeting to membrane / TBC/RABGAPs / mast cell degranulation / negative regulation of interleukin-6 production / endocytic vesicle / receptor-mediated endocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of protein phosphorylation / recycling endosome / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / early endosome membrane / Ras protein signal transduction / エンドソーム / 樹状突起 / 核小体 / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #120 / VPS9 domain / RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab5 GDP/GTP exchange factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Delprato, A. / Merithew, E. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structure, exchange determinants, and family-wide rab specificity of the tandem helical bundle and Vps9 domains of Rabex-5
著者: Delprato, A. / Merithew, E. / Lambright, D.G.
履歴
登録2004年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5 GDP/GTP exchange factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3882
ポリマ－32,3641
非ポリマー241
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.047, 88.329, 47.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Rab5 GDP/GTP exchange factor / Rabex-5


分子量: 32363.783 Da / 分子数: 1 / 断片: VPS9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGEF1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJ41
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, MgCl, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.97956,0.97944,0.96805,0.97954,0.97948,0.99530
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979561
20.979441
30.968051
40.979541
50.979481
60.99531
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 11599 / Num. obs: 11599 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 586 -RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.229 11599 --
obs0.229 11599 93.7 %-
溶媒の処理Bsol: 39.2366 Å2 / ksol: 0.323924 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.726 Å20 Å20 Å2
2---5.148 Å20 Å2
3---1.421 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2080 0 1 82 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5942
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.5732.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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