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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the hydroxylamine MtmB complex | ||||||
![]() | Monomethylamine methyltransferase mtmB1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hao, B. / Zhao, G. / Kang, P.T. / Soares, J.A. / Ferguson, T.K. / Gallucci, J. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reactivity and chemical synthesis of L-pyrrolysine- the 22(nd) genetically encoded amino acid 著者: Hao, B. / Zhao, G. / Kang, P.T. / Soares, J.A. / Ferguson, T.K. / Gallucci, J. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50183.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O30642, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BG5 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NACL, HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 67189 / Num. obs: 67189 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3307 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1NTH 解像度: 2→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 311870.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3925 Å2 / ksol: 0.395048 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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