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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tux | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF A THERMOSTABLE XYLANASE FROM THERMOASCUS AURANTIACUS | ||||||
要素 | XYLANASEキシラナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / XYLAN DEGRADATION / GLYCOSIDASE / ENZYME (酵素) / 1 / 4-BETA-XYLAN XYLANOHYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoascus aurantiacus (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Natesh, R. / Bhanumoorthy, P. / Vithayathil, P.J. / Sekar, K. / Ramakumar, S. / Viswamitra, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure at 1.8 A resolution and proposed amino acid sequence of a thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus. 著者: Natesh, R. / Bhanumoorthy, P. / Vithayathil, P.J. / Sekar, K. / Ramakumar, S. / Viswamitra, M.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Crystals of Thermoascus Aurantiacus Xylanase 著者: Viswamitra, M.A. / Bhanumoorthy, P. / Ramakumar, S. / Manjula, M.V. / Vithayathil, P.J. / Murthy, S.K. / Naren, A.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tux.cif.gz | 74.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tux.ent.gz | 54.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tux | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32556.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FUNGAL SOURCE FROM THERMOASCUS AURANTIACUS XYLANASE / 由来: (天然) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 株: LOCAL INDIAN SOIL / 参照: UniProt: P23360, キシラナーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE DEPOSITED IN THE SEQRES RECORDS IS IDENTIFIED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % 解説: THE FULL ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE STREPTOMYCES LIVIDANS XYLANASE KINDLY PROVIDED TO US BY PROF. Z. DEREWENDA WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. ONLY CA ...解説: THE FULL ATOMIC COORDINATES OF THE WILD TYPE STREPTOMYCES LIVIDANS XYLANASE KINDLY PROVIDED TO US BY PROF. Z. DEREWENDA WERE USED AS THE STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. ONLY CA COORDINATES OF STREPTOMYCES LIVIDANS XYLANASE ARE DEPOSITED IN PDB WITH ID CODE 1XAS TILL DATE. STRUCTURE REFINEMENT USING HIGH RESOLUTION DATA SETS AT 1.11 AND 0.89 A COLLECTED AT DIFFERENT TEMPERATURES IS CURRENTLY | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 22983 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / % possible all: 86.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 85248 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: STREPTOMYCES LIVIDANS XYLANASE 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.21 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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