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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tud | ||||||
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タイトル | ALPHA-SPECTRIN SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN, CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48 | ||||||
要素 | ALPHA-SPECTRIN | ||||||
キーワード | CYTOSKELETON (細胞骨格) / CAPPING PROTEIN / CALCIUM-BINDING / DUPLICATION / SH3 DOMAIN (SH3ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Viguera, A.R. / Serrano, L. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics. 著者: Viguera, A.R. / Blanco, F.J. / Serrano, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tud.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tud.ent.gz | 15 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tud | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7129.172 Da / 分子数: 1 / 断片: SRC HOMOLOGY 3 DOMAIN 変異: CIRCULAR PERMUTANT, CUT AT N47-D48, INS(M-D48), INS(SG-T4) 由来タイプ: 組換発現 詳細: THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ...詳細: THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ASP 62 (C-TERMINUS) OF THE WT-SH3 SEQUENCE ARE LINKED BY TWO ADDITIONAL RESIDUES (SER 2, GLY 3). THE CHAIN IS CLEAVED BETWEEN ASN 47 AND ASP 48. MET 0 IS ADDED AT THE NEW N-TERMINUS. 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). ...THIS IS A CIRCULAR PERMUTANT OF THE WT ALPHA-SPECTRIN SH3 SEQUENCE (PDB CODE WT-3D STRUCTURE: 1SGB). THE RESIDUE NUMBERS ARE AS IN THE WT SPECTRIN-SH3 DOMAIN (1SGB). THR 4 (N-TERMINUS) AND ASP 62 (C-TERMINUS) OF THE WT-SH3 SEQUENCE ARE LINKED BY TWO ADDITIONAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月26日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→100 Å / Num. obs: 6591 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.77→6 Å / σ(F): 1 詳細: THE FIRST TWO RESIDUES OF THE NEW N-TERMINUS (MET 0, ASP 48) ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→6 Å
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拘束条件 |
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