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- PDB-1tol: FUSION OF N-TERMINAL DOMAIN OF THE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tol
タイトルFUSION OF N-TERMINAL DOMAIN OF THE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE III IN PHAGE M13, AND C-TERMINAL DOMAIN OF E. COLI PROTEIN-TOLA
要素PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / BACTERIOPHAGE M13 / PHAGE INFECTION / TOL PATHWAY / FUSION PROTEIN (融合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / protein import / virion binding / cell division site / : / カプシド / disordered domain specific binding ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / protein import / virion binding / cell division site / : / カプシド / disordered domain specific binding / symbiont entry into host cell / 細胞周期 / protein domain specific binding / 細胞分裂 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
TolA C-terminal / Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain / Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain / Tol-Pal system, TolA / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 - #10 / Bacteriophage, G3P, N2-domain superfamily / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A ...TolA C-terminal / Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain / Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain / Tol-Pal system, TolA / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 / Fusion Protein Consisting Of Minor Coat Protein, Glycine Rich Linker, Tola, And A His Tag; Chain: A; Domain 2 - #10 / Bacteriophage, G3P, N2-domain superfamily / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment protein / Tol-Pal system protein TolA
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Hennecke, F. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Filamentous phage infection: crystal structure of g3p in complex with its coreceptor, the C-terminal domain of TolA.
著者: Lubkowski, J. / Hennecke, F. / Pluckthun, A. / Wlodawer, A.
履歴
登録1999年5月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8511
ポリマ－22,8511
非ポリマー00
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.880, 88.880, 63.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FUSION PROTEIN CONSISTING OF MINOR COAT PROTEIN, GLYCINE RICH LINKER, TOLA, AND A HIS TAG)


分子量: 22851.123 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL DOMAIN OF MINOR COAT PROTEIN AND C-TERMINAL DOMAIN OF TOLA
由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION PROTEIN COMPRISES RESIDUES 1-86 OF MATURE MINOR COAT PROTEIN FROM GENE III, INCLUDING GLYCINE-RICH LINKER (GGGSEGGGSEGGGSEGGG), AND RESIDUES 295-421 OF TOLA, AND C-TERMINAL TAIL WITH SEQUENCE AAAHHHHHH
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
属: Inovirus, EscherichiaFf phages / 生物種: , / 解説: FUSION GENE / プラスミド: PTFT74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0N8P2C2, UniProt: P19934
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
解説: MIRAS WAS SUPPORTED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING N-TERMINAL DOMAIN FROM PREVIOUSLY SOLVED STRUCTURE OF G3P (1G3P) AS A STARTING MODEL
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN AT CONCENTRATION 8-12 MG/ML IN 50 MM HEPES (PH=7.5) WITH ADDITION OF DTT C=2MM, WAS CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION FROM THE SITTING OR HANGING DROP, WITH THE SOLUTION CONTAINING ...詳細: PROTEIN AT CONCENTRATION 8-12 MG/ML IN 50 MM HEPES (PH=7.5) WITH ADDITION OF DTT C=2MM, WAS CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION FROM THE SITTING OR HANGING DROP, WITH THE SOLUTION CONTAINING 25% PEG4000, 0.08M TRIS (PH=8.5), AND 0.15 M SODIUM ACETATE AS A PRECIPITANT. BEFORE SETTING THE DROPS, PROTEIN SOLUTION WAS MIXED WITH THE PRECIPITANT IN THE RATIO 1:1. CRYSTALS WERE GROWING BEST AT TEMPERATURE 15 DEGREES CELSIUS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 22243 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 8.05 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 5.85 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 190164
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.85→10 Å / Num. parameters: 5335 / Num. restraintsaints: 4829 / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1534 7 %RANDOM
all0.2297 22065 --
obs0.2275 -99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1325
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 0 159 1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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