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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ti1 | ||||||
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タイトル | crystal structure of a mutant DsbA | ||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein dsbA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / proline / thiol / detergent | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kone, A. / Serre, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Intriguing conformation changes associated with the trans/cis isomerization of a prolyl residue in the active site of the DsbA C33A mutant. 著者: Ondo-Mbele, E. / Vives, C. / Kone, A. / Serre, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ti1.cif.gz | 50.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ti1.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ti1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ti1_validation.pdf.gz | 436 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ti1_full_validation.pdf.gz | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ti1_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ti1_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/1ti1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/1ti1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21122.959 Da / 分子数: 1 / 変異: C33A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: DSBA, PPFA, DSF, B3860, Z5392, ECS4783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24991, UniProt: P0AEG4*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-D12 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, Bicine, DDM, MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月4日 |
放射 | モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→55 Å / Num. all: 6214 / Num. obs: 6211 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 931 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DSB 解像度: 2.6→20.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 56.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.045
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top |