[English] 日本語
Yorodumi- PDB-1tfw: How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use o... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1tfw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use of an oligonucleotide template | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/RNA / CCA-adding Complex / TRANSFERASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Archaeoglobus fulgidus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2004 Title: Mechanism of transfer RNA maturation by CCA-adding enzyme without using an oligonucleotide template. Authors: Xiong, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1tfw.cif.gz | 428.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1tfw.ent.gz | 343.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1tfw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/1tfw | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1sz1C 1tfyC 1r89S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
-RNA chain , 4 types, 6 molecules EHIGFJ
#1: RNA chain | Mass: 3826.352 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: RNA chain | Mass: 4131.534 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically #3: RNA chain | | Mass: 3825.368 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #4: RNA chain | | Mass: 4131.533 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#5: Protein | Mass: 51469.137 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus (archaea) / Gene: CCA, AF2156 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25 |
---|
-Non-polymers , 3 types, 1063 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 |
Detector | Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→47.7 Å / Num. obs: 122568 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1R89 Resolution: 2.2→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.938 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.203 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.443 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→47.7 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|