[日本語] English
万見
- PDB-1t1d: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIZATION DOMAIN OF THE SHAKER POT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t1d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIZATION DOMAIN OF THE SHAKER POTASSIUM CHANNEL
要素PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / POTASSIUM CHANNELS (カリウムチャネル) / TETRAMERIZATION DOMAIN / APLYSIA KV1.1 / PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ)
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion-gated channel activity / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / protein homooligomerization
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
カリウムチャネル
類似検索 - 構成要素
生物種Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Kreusch, A. / Pfaffinger, P.J. / Stevens, C.F. / Choe, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Zn2+-binding and molecular determinants of tetramerization in voltage-gated K+ channels.
著者: Bixby, K.A. / Nanao, M.H. / Shen, N.V. / Kreusch, A. / Bellamy, H. / Pfaffinger, P.J. / Choe, S.
履歴
登録1998年9月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0971
ポリマ－12,0971
非ポリマー00
水1,946108
1
A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)

A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)

A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)

A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3904
ポリマ－48,3904
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.710, 59.710, 146.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL KV1.1)


分子量: 12097.453 Da / 分子数: 1 / 断片: TETRAMERIZATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ)
株: BL21 (DE3) / 細胞株: CENTRAL NERVOUS SYSTEM / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / プラスミド: PET20B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16968
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 24% ISOPROPANOL, .2M MGCL2, .1 M HEPES PH 7.5, 1MM DTT
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.5 Msodium formate1reservoir
20.1 Mbis-Tris-propane1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.15 M1reservoirNaCl
510 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
624 %isopropanol1drop
70.2 M1dropMgCl2
80.1 MHEPES1droppH7.5
91 mMdithiothreitol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: PT-COATED-MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→25 Å / Num. obs: 26768 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.35 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. obs: 24631 / % possible obs: 93.7 % / Num. measured all: 135247 / Rmerge(I) obs: 0.066

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8モデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A68

1a68


解像度: 1.51→19.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 -5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs-21355 92.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数851 0 0 108 959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.3542
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0493
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7612
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7553
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0192
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1260.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1380.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.8 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る