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万見
- PDB-1suf: Carbon Monoxide Dehydrogenase from Carboxydothermus hydrogenoform... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1suf
タイトルCarbon Monoxide Dehydrogenase from Carboxydothermus hydrogenoformans-Inactive state
要素Carbon Monoxide Dehydrogenase 2一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CODH (一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)) / carbon monoxide dehydrogenase (一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)) / nickel (ニッケル) / cluster C (パーソナリティ障害)
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Dobbek, H. / Svetlitchnyi, V. / Liss, J. / Meyer, O.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Carbon Monoxide Induced Decomposition of the Active Site [Ni-4Fe-5S] Cluster of CO Dehydrogenase
著者: Dobbek, H. / Svetlitchnyi, V. / Liss, J. / Meyer, O.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE COMPLETE SEQUENCE OF CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS HAS BEEN ...SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT THE COMPLETE SEQUENCE OF CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS HAS BEEN DETERMINED AND THAT THE PRELIMINARY RESULTS ARE AVAILABLE THROUGH THE TIGR HOME PAGE (WWW.TIGR.ORG).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon Monoxide Dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9624
ポリマ－66,9921
非ポリマー9703
水19,1501063
1
A: Carbon Monoxide Dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Carbon Monoxide Dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9258
ポリマ－133,9852
非ポリマー1,9406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9360 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area38250 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.614, 75.004, 71.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1419-

HOH

21A-1424-

HOH

31A-1600-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, y, -z.

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要素

#1: タンパク質 Carbon Monoxide Dehydrogenase 2 / 一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) / CODH 2


分子量: 66992.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F8A8, 一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-NFS / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER


分子量: 442.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3000, 2-Propanol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→20 Å / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
SHELXL-97精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1902 9071 RANDOM
Rwork0.1519 --
all0.1521 181214 -
obs0.1521 181214 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4653 0 21 1063 5737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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