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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ssu | ||||||
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タイトル | Structural and biochemical evidence for disulfide bond heterogeneity in active forms of the somatomedin B domain of human vitronectin | ||||||
要素 | Vitronectinビトロネクチン | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / somatostatin B domain / vitronectin (ビトロネクチン) / disulfide bonds heterogeneity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rough endoplasmic reticulum lumen / smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / scavenger receptor activity / negative regulation of endopeptidase activity / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of blood coagulation / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...rough endoplasmic reticulum lumen / smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / scavenger receptor activity / negative regulation of endopeptidase activity / protein complex involved in cell-matrix adhesion / negative regulation of blood coagulation / extracellular matrix binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell-substrate adhesion / Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix structural constituent / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / polysaccharide binding / positive regulation of wound healing / positive regulation of smooth muscle cell migration / endodermal cell differentiation / oligodendrocyte differentiation / protein polymerization / 基底膜 / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cell adhesion / collagen binding / extracellular matrix organization / cell-matrix adhesion / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Golgi lumen / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / 遊走 / integrin binding / positive regulation of protein binding / heparin binding / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / 細胞接着 / 免疫応答 / intracellular membrane-bounded organelle / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics in DYANA, simulated annealing, energy minimization in AMBER | ||||||
データ登録者 | Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. ...Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. / Loskutoff, D.J. / Dyson, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Disulfide bonding arrangements in active forms of the somatomedin B domain of human vitronectin. 著者: Kamikubo, Y. / De Guzman, R. / Kroon, G. / Curriden, S. / Neels, J.G. / Churchill, M.J. / Dawson, P. / Oldziej, S. / Jagielska, A. / Scheraga, H.A. / Loskutoff, D.J. / Dyson, H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ssu.cif.gz | 295.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ssu.ent.gz | 256.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ssu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5824.493 Da / 分子数: 1 / 断片: somatomedin B domain of human vitronectin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VTN / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21trxB(DE3) / 参照: UniProt: P04004 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: not applicable |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics in DYANA, simulated annealing, energy minimization in AMBER ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: 20 lowest energy structures 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |