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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1squ | ||||||
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タイトル | Structural Genomics, Crystal structure of the CheX protein from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | CheX protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Alpha-beta sandwich / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of the protein CheX from Thermotoga maritima 著者: Zhang, R. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1squ.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1squ.ent.gz | 50.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1squ.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1squ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1squ | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | This protein existed as dimer. MolA and MolB represent the dimer in the asymmtric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16467.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1V3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 10% isopropanol, 0.1M sodium Cacodylate, 15% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.94656 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月2日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 13192 / Num. obs: 12325 / % possible obs: 93.43 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 31.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 1311 / % possible all: 91.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 392722.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The number of reflections used in the refinement included Friedel pairs
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.573 Å2 / ksol: 0.295503 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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