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万見
- PDB-1smn: IDENTIFICATION OF THE SERRATIA ENDONUCLEASE DIMER: STRUCTURAL BAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1smn
タイトルIDENTIFICATION OF THE SERRATIA ENDONUCLEASE DIMER: STRUCTURAL BASIS AND IMPLICATIONS FOR CATALYSIS
要素EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE
キーワードENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / NUCLEASE (ヌクレアーゼ) / DNASE (デオキシリボヌクレアーゼ) / RNASE (リボヌクレアーゼ) / SUGAR-NONSPECIFIC NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Serratia marcescens nuclease / endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...DNA/RNA non-specific endonuclease, active site / DNA/RNA non-specific endonucleases active site. / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヌクレアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Miller, M.D. / Krause, K.L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Identification of the Serratia endonuclease dimer: structural basis and implications for catalysis.
著者: Miller, M.D. / Krause, K.L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: 2.1 Angstroms Structure of Serratia Endonuclease Suggests a Mechanism for Binding to Double-Stranded DNA
著者: Miller, M.D. / Tanner, J. / Alpaugh, M. / Benedik, M.J. / Krause, K.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of a Novel Nuclease from Serratia Marcescens
著者: Miller, M.D. / Benedik, M.J. / Sullivan, M.J. / Shipley, M.C. / Krause, K.L.
履歴
登録1995年1月25日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE
B: EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4782
ポリマ－53,4782
非ポリマー00
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.700, 74.500, 68.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99989, -0.014803, -0.001089), (-0.014812, 0.999846, 0.009425), (-0.000949, 0.00944, -0.999955)
ベクター: -1.1809, -0.496, 103.2024)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 5 .. A 245 B 5 .. B 245 0.131

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要素

#1: タンパク質 EXTRACELLULAR ENDONUCLEASE


分子量: 26738.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 株: SM6 / 遺伝子: NUCA / プラスミド: PUC19NUC4OC / 遺伝子 (発現宿主): NUCA / 発現宿主: Serratia marcescens (霊菌) / 参照: UniProt: P13717, Serratia marcescens nuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
解説: THIS STRUCTURE WAS SOLVED USING MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH 5 DERIVATIVES. AFTER THE INITIAL MODEL WAS BUILT, THE DATA WAS REFINED AGAINST A NATIVE DATA SET COLLECTED FROM TWO CRYSTALS.
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 52 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: microdialysis
詳細: 2 can be substituted with 40 mM Tris-HCl, pH 8.2, 2 mM MgCl, 1 M NaCl2; or 100 mM NaPO4, pH 6.0.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11-5 mg/mlprotein11
240 mMTris-HCl12
32 mM12MgCl2
4100 mM12NaCl

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
ID波長
11.54
21.54
検出器
タイプID検出器日付
ENRAF-NONIUS FAST1DIFFRACTOMETER1993年3月8日
ENRAF-NONIUS FAST2DIFFRACTOMETER1993年4月9日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射% possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
PROCORデータ収集
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
PROCORデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.04→6 Å / σ(F): 2
詳細: CRYST1 THERE IS STRONG PSEUDO-CENTERING ARISING FROM THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. SHIFTING ONE MONOMER BY ONLY 1.4 ANGSTROMS WITH A 1 DEGREE ROTATION WOULD CHANGE THE SPACE GROUP TO I 2 ...詳細: CRYST1 THERE IS STRONG PSEUDO-CENTERING ARISING FROM THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. SHIFTING ONE MONOMER BY ONLY 1.4 ANGSTROMS WITH A 1 DEGREE ROTATION WOULD CHANGE THE SPACE GROUP TO I 2 2 2. THIS STRUCTURE WAS SOLVED USING MULTIPLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH 5 DERIVATIVES. AFTER THE INITIAL MODEL WAS BUILT, THE DATA WAS REFINED AGAINST A NATIVE DATA SET COLLECTED FROM TWO CRYSTALS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.168 --
obs0.168 29445 92.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 11 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3694 0 0 224 3918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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