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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sly | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF THE 70-KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE WITH BULGECIN A | ||||||
要素 | 70-KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE | ||||||
キーワード | GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / INHIBITOR-ENZYME COMPLEX / LYSOZYME (リゾチーム) / PEPTIDOGLYCAN (ペプチドグリカン) / HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / PERIPLASMIC (ペリプラズム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lytic endotransglycosylase activity / : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム ...lytic endotransglycosylase activity / : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / lyase activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Thunnissen, A.M.W.H. / Kalk, K.H. / Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structure of the 70-kDa soluble lytic transglycosylase complexed with bulgecin A. Implications for the enzymatic mechanism. 著者: Thunnissen, A.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: The Catalytic Domain of a Bacterial Lytic Transglycosylase Defines a Novel Class of Lysozymes 著者: Thunnissen, A.M. / Isaacs, N.W. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: 'Holy' Proteins. II: The Soluble Lytic Transglycosylase 著者: Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Doughnut-Shaped Structure of a Bacterial Muramidase Revealed by X-Ray Crystallography 著者: Thunnissen, A.M. / Dijkstra, A.J. / Kalk, K.H. / Rozeboom, H.J. / Engel, H. / Keck, W. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sly.cif.gz | 128.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sly.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sly | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70560.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03810, UniProt: P0AGC3*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BLG / |
構成要素の詳細 | THE STRUCTURE CONSISTS OF 3 DOMAINS: DOMAIN RESIDUES COMMENT U 1 - 361 ALPHA-SUPERHELIX TOPOLOGY L ...THE STRUCTURE CONSISTS OF 3 DOMAINS: DOMAIN RESIDUES COMMENT U 1 - 361 ALPHA-SUPERHELIX |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 63 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Rozeboom, H. J., (1990) J. Mol. Biol., 212, 557. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X11 / 波長: 1.003 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→22 Å / Num. obs: 23903 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 2 詳細: RESIDUES 371 - 377 ARE POORLY DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY. THESE RESIDUES BELONG TO A LONG SURFACE LOOP THAT CONNECTS THE U- AND L-DOMAINS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati sigma a obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection obs: 22746 / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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