PDB-1sb6: Solution structure of a cyanobacterial copper metallochaperone, ScAtx1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sb6

タイトル

Solution structure of a cyanobacterial copper metallochaperone, ScAtx1

要素

copper chaperone ScAtx1

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / copper chaperone / new metal binding motif /

Structural Proteomics in Europe (構造ゲノミクス) / SPINE /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

copper ion binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry,

simulated annealing,

molecular dynamics, torsion angle dynamics

データ登録者

Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Su, X.C. / Borrelly, G.P. / Robinson, N.J. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution Structures of a Cyanobacterial Metallochaperone: INSIGHT INTO AN ATYPICAL COPPER-BINDING MOTIF.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Su, X.C. / Borrelly, G.P. / Robinson, N.J.

履歴

登録	2004年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sb6.cif.gz	405.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sb6.ent.gz	343.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y2m-d 1r63-d 2kt3-d 5nlj-2 3qq6-3 5nl4-3 1k1c-d 4j9h-3 4y2i-d 4j9g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CIRMMP34

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: copper chaperone ScAtx1

6.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	the submitted structures are the 20 structures with the lowest target function of 200 conformers
代表モデル

#1: タンパク質	copper chaperone ScAtx1 分子量: 6690.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pETATX1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73213

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D TOCSY
1	4	1	HNHA

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using 15N labelled apo ScAtx1

-
試料調製

詳細	内容: 0.7 mM apoScAtx1,50mM phosphate, 90%H2O, 10%D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM phosphate / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
XEASY	1.3	Xia, Bartles	構造決定
DYANA	1.5	Gunter, Mumenthaler, Wuthrich	構造決定
Amber	5	Pealman, Case, Caldwell, Ross, Cheatham, Ferguson,Seibel, Singh, Weiner, Kollman	精密化

精密化

手法: distance geometry,

simulated annealing,

molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: In the ensemble each structure is based on a total of 1017 meaningful NOEs constrants together with 44 dihedral angle(phi)restraints.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: the submitted structures are the 20 structures with the lowest target function of 200 conformers
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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