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万見
- PDB-1s7m: Crystal Structure of HiaBD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7m
タイトルCrystal Structure of HiaBD1
要素Hia
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / adhesion (接着) / homotrimer / autotransporter
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #140 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #140 / Trimeric adhesin / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) ...N-terminal domain of TfIIb - #140 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #140 / Trimeric adhesin / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Pilin-like / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Initial phasing: MAD of two Met sites introduced protein crystal, then Molecular replacement on native crystal / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yeo, H.J. / Cotter, S.E. / Laarmann, S. / Juehne, T. / St Geme, J.W. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for host recognition by the Haemophilus influenzae Hia autotransporter.
著者: Yeo, H.J. / Cotter, S.E. / Laarmann, S. / Juehne, T. / St Geme, J.W. / Waksman, G.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hia
B: Hia
C: Hia
D: Hia
E: Hia
F: Hia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1366
ポリマ－108,1366
非ポリマー00
水8,683482
1
A: Hia
B: Hia
C: Hia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0683
ポリマ－54,0683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15300 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
2
D: Hia
E: Hia
F: Hia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0683
ポリマ－54,0683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15340 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
3
A: Hia
B: Hia
C: Hia

D: Hia
E: Hia
F: Hia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1366
ポリマ－108,1366
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area32230 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area40060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.582, 86.204, 89.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hia


分子量: 18022.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: strain 11 / 遺伝子: hia / プラスミド: pGEX6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 72387 / Num. obs: 72387 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 25.05
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: Initial phasing: MAD of two Met sites introduced protein crystal, then Molecular replacement on native crystal
開始モデル: SeMetHiaBD1(HiaBD1 variant genrated for Se MAD phasing)

解像度: 2.1→44 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 409136.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 3587 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.217 73002 --
obs0.217 70265 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.5725 Å2 / ksol: 0.355562 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å2-6.66 Å2
2--6.75 Å20 Å2
3----4.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6875 0 0 483 7358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 583 5.3 %
Rwork0.28 10373 -
obs--90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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