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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s5k | ||||||
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タイトル | Aminoglycoside N-Acetyltransferase AAC(6')-Iy in Complex with CoA and N-terminal His(6)-tag (crystal form 1) | ||||||
要素 | aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GNAT / N-acetyltransferase / acetyltransferase / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / CoA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA metabolic process / response to antibiotic / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enteritidis (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Vetting, M.W. / Magnet, S. / Nieves, E. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004 タイトル: A bacterial acetyltransferase capable of regioselective N-acetylation of antibiotics and histones 著者: Vetting, M.W. / Magnet, S. / Nieves, E. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Kinetic and mutagenic characterization of the chromosomally encoded Salmonella enterica AAC(6')-Iy aminoglycoside N-acetyltransferase 著者: Magnet, S. / Lambert, T. / Courvalin, P. / Blanchard, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s5k.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s5k.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s5k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer as generated from the dimer in the assymetric unit by the operations x,y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18556.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enteritidis (サルモネラ菌) プラスミド: pet28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9R381, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: vapor diffusion under oil / pH: 8 詳細: Ammonium Sulfate, Tris, pH 8, vapor diffusion under oil, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月20日 / 詳細: MSC Blue Confocal |
放射 | モノクロメーター: MSC Blue Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 14506 / Num. obs: 14506 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique all: 1389 / Rsym value: 0.09 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.245 / Rfactor Rwork: 0.168 |