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万見
- PDB-1rso: Hetero-tetrameric L27 (Lin-2, Lin-7) domain complexes as organiza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rso
タイトルHetero-tetrameric L27 (Lin-2, Lin-7) domain complexes as organization platforms of supra-molecular assemblies
要素
  • Peripheral plasma membrane protein CASK
  • Presynaptic protein SAP97シナプス
キーワードNEUROPEPTIDE/MEMBRANE PROTEIN / L27 domain / scaffold protein (足場タンパク質) / protein assembly (タンパク質) / cell polarity / NEUROPEPTIDE-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


podocyte foot / tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / hard palate development ...podocyte foot / tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / hard palate development / Neurexins and neuroligins / establishment of centrosome localization / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / negative regulation of p38MAPK cascade / cortical microtubule organization / embryonic skeletal system morphogenesis / astral microtubule organization / structural constituent of postsynaptic density / lateral loop / reproductive structure development / myelin sheath abaxonal region / immunological synapse formation / neurexin family protein binding / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / 蠕動 / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / 核ラミナ / cell projection membrane / smooth muscle tissue development / paranode region of axon / bicellular tight junction assembly / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of potassium ion transport / apical dendrite / ランヴィエの絞輪 / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / protein-containing complex localization / calcium ion import / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / amyloid precursor protein metabolic process / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / lens development in camera-type eye / endothelial cell proliferation / ciliary membrane / ureteric bud development / regulation of myelination / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of calcium ion import / receptor clustering / 微絨毛 / kinesin binding / 免疫シナプス / 基底膜 / lateral plasma membrane / potassium channel regulator activity / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / bicellular tight junction / negative regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatase binding / postsynaptic density, intracellular component / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / 横行小管 / ionotropic glutamate receptor binding / T細胞 / actin filament polymerization / basal plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / synaptic membrane / regulation of membrane potential / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / actin filament organization / protein kinase C binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuromuscular junction / protein localization / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytoplasmic side of plasma membrane / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / nuclear matrix / 細胞接着 / regulation of protein localization / negative regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
L27 domain / Helix hairpin bin / CASK, SH3 domain / L27-1 / L27_1 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. ...L27 domain / Helix hairpin bin / CASK, SH3 domain / L27-1 / L27_1 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / SH3ドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Helix Hairpins / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large homolog 1 / Peripheral plasma membrane protein CASK
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Long, J.-F. / Fan, J.-S. / Suetake, T. / Zhang, M.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2004
タイトル: The tetrameric L27 domain complex as an organization platform for supramolecular assemblies
著者: Feng, W. / Long, J.-F. / Fan, J.-S. / Suetake, T. / Zhang, M.
履歴
登録2003年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Presynaptic protein SAP97
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Presynaptic protein SAP97
D: Peripheral plasma membrane protein CASK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1304
ポリマ－27,1304
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Presynaptic protein SAP97 / シナプス / SAP97


分子量: 7236.097 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62696
#2: タンパク質 Peripheral plasma membrane protein CASK / mLin-2/CASK


分子量: 6329.000 Da / 分子数: 2 / 断片: L27N domain / Mutation: C363S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q62915, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1443D 13C-separated NOESY
15513C-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM unlabelled L27S/L27N complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
21.5mM uniformly 15N labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.5mM uniformly 15N/13C labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
41.5mM uniformly 15N/13C labelled L27S/L27N complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
51.5mM 10% 13C labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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