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- PDB-1rq2: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FTSZ IN COMPLEX WITH CITRATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rq2
タイトルMYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FTSZ IN COMPLEX WITH CITRATE
要素Cell division protein ftsZ細胞分裂
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / SIGNALING PROTEIN / TUBULIN (チューブリン) / GTPASE (GTPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


septin ring assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / positive regulation of cell cycle / 細胞分裂 / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding ...septin ring assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / positive regulation of cell cycle / 細胞分裂 / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Leung, A.K.W. / White, E.L. / Ross, L.J. / Reynolds, R.C. / DeVito, J.A. / Borhani, D.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis FtsZ reveals unexpected, G protein-like conformational switches.
著者: Leung, A.K. / Lucile White, E. / Ross, L.J. / Reynolds, R.C. / DeVito, J.A. / Borhani, D.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Polymerization of C-Terminally Truncated Mycobacterium tuberculosis FtsZ Is Unlikely to be Physiologically Relevant
著者: Borhani, D.W. / White, E.L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization of the Mycobacterium tuberculosis cell-division protein FtsZ
著者: Leung, A.K.W. / White, E.L. / Ross, L.J. / Borhani, D.W.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2000
タイトル: Slow polymerization of Mycobacterium tuberculosis FtsZ
著者: White, E.L. / Ross, L.J. / Reynolds, R.C. / Seitz, L.E. / Moore, G.D. / Borhani, D.W.
#4: ジャーナル: J.ANTIMICROB.CHEMOTHER. / 年: 2002
タイトル: 2-Alkoxycarbonylaminopyridines: inhibitors of Mycobacterium tuberculosis FtsZ
著者: White, E.L. / Suling, W.J. / Ross, L.J. / Seitz, L.E. / Reynolds, R.C.
履歴
登録2003年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein ftsZ
B: Cell division protein ftsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3383
ポリマ－78,1462
非ポリマー1921
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.116, 88.116, 176.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein ftsZ / 細胞分裂


分子量: 39073.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: FTSZ, RV2150C, MT2209, MTCY270.18, MB2174C / プラスミド: pJD168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: P64170, UniProt: P9WN95*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 2MM SRI-7614, ETHYL (6-AMINO-2,3-DIHYDRO-4-PHENYL-1H-PYRIDO[4,3-B][1,4]DIAZEPIN-8-YL)-CARBAMATE, WAS INCLUDED AS WELL, BUT WAS NOT ...詳細: 30% PEG 4000, 0.1M SODIUM CITRATE, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 2MM SRI-7614, ETHYL (6-AMINO-2,3-DIHYDRO-4-PHENYL-1H-PYRIDO[4,3-B][1,4]DIAZEPIN-8-YL)-CARBAMATE, WAS INCLUDED AS WELL, BUT WAS NOT LOCATED IN THE FINAL STRUCTURE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9235
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月30日 / 詳細: MIRRORS/MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9235 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 68271 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
EPMR位相決定
REFMAC5.1.27精密化
X-PLOR精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FSZ

1fsz


解像度: 1.86→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.621 / SU ML: 0.079 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: X-PLOR-GENERATED BULK SOLVENT PARTIAL STRUCTURE FACTORS WERE USED IN REFMAC AS PARTIAL STRUCTURE FACTORS (FPART/PHIPART), EXCEPT IN LAST ROUND, WHERE REFMAC BABINET MODEL WITH MASK WAS USED. ...詳細: X-PLOR-GENERATED BULK SOLVENT PARTIAL STRUCTURE FACTORS WERE USED IN REFMAC AS PARTIAL STRUCTURE FACTORS (FPART/PHIPART), EXCEPT IN LAST ROUND, WHERE REFMAC BABINET MODEL WITH MASK WAS USED. AFTER COMPLETION OF THE REFINEMENT, AN UNINTERPRETABLE STRETCH OF ELECTRON DENSITY REMAINED NEAR THE ACTIVE SITE OF SUBUNIT A. THIS DENSITY IS DISTINCT FROM THE CITRATE (AND SURROUNDING WATER MOLECULES) IN THE ACTIVE SITE. NONE OF THE OTHER CRYSTALLIZATION BUFFER COMPONENTS COULD BE MODELED INTO THIS DENSITY. A THREE OR FOUR RESIDUE PEPTIDE COULD BE MODELED INTO THIS DENSITY, BUT NOT IN A VERY SATISFACTORY MANNER. THE DENSITY MAY ARISE FROM PARTIAL ORDERING OF THE AMINO-TERMINUS OF ANOTHER FTSZ MOLECULE IN THE CRYSTAL LATTICE, OR MORE LIKELY FROM ONE OF THE PEPTIDIC PROTEASE INHIBITORS INCLUDED IN THE PROTEIN PREPARATION (E.G., LEUPEPTIN).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22169 3267 5.1 %RANDOM
Rwork0.18707 ---
obs0.18887 61177 99.17 %-
all-64447 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4271 0 13 316 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9815827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0641.52904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97524628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19931410
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7344.51199
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 243
Rwork0.26 4518

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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