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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rgt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase complexed with vanadate, octopamine, and tetranucleotide AGTC | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Explorations of peptide and oligonucleotide binding sites of tyrosyl-DNA phosphodiesterase using vanadate complexes. 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of a transition state mimic for Tdp1 assembled from vanadate, DNA, and a topoisomerase I-derived peptide. 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J. #2: ![]() タイトル: Insights into substrate binding and catalytic mechanism of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase (Tdp1) from vanadate and tungstate-inhibited structures 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J. #3: ![]() タイトル: The crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase, Tdp1 著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Campoux, J.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | There are two biological assemblies per asymmetric unit--one composed of chains A and D, the other of chains B and F. |
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要素
-DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 DFAB
#1: DNA鎖 | 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 54731.195 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues 149-608 / Mutation: N322D, T328M, L548F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NUW8, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 229分子 ![](data/chem/img/VO4.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/OTS.gif)
![](data/chem/img/OTR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/OTS.gif)
![](data/chem/img/OTR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-SPM / | ![]() #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 3000, NaCl, HEPES, spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 68032 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.15 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 15.29 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.368 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB structure 1JY1 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.724 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.713 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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