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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rap | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE AND FUNCTION OF OMEGA LOOP A REPLACEMENTS IN CYTOCHROME C | ||||||
要素 | REP A2 ISO-1-CYTOCHROME C | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / ミトコンドリア / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Murphy, M.E.P. / Brayer, G.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993 タイトル: The structure and function of omega loop A replacements in cytochrome c. 著者: Murphy, M.E. / Fetrow, J.S. / Burton, R.E. / Brayer, G.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: High-Resolution Refinement of Yeast Iso-1-Cytochrome C and Comparisons with Other Eukaryotic Cytochromes C 著者: Louie, G.V. / Brayer, G.D. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1989 タイトル: Deletions and Replacements of Omega Loops in Yeast Iso-1-Cytochrome C 著者: Fetrow, J.S. / Cardillo, T.S. / Sherman, F. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Yeast Iso-1-Cytochrome C: A 2.8 Angstroms Resolution Three-Dimensional Structure Determination 著者: Louie, G.V. / Hutcheon, W.L.B. / Brayer, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rap.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rap.ent.gz | 24.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rap.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1rap | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12098.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P00044 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | AMINO ACID NUMBERING FOLLOWS THAT OF AN ALIGNMENT TO VERTEBRATE CYTOCHROMES C. THE N-TERMINAL ...AMINO ACID NUMBERING FOLLOWS THAT OF AN ALIGNMENT TO VERTEBRATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.85 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: macro-seeding hanging drop | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / Num. all: 25731 / Num. obs: 4498 / % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.073 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.25 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / Num. reflection obs: 4197 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.183 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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