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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qxx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF TONB | ||||||
要素 | TonB protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TonB Dimerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Koedding, J. / Howard, P. / Kaufmann, L. / Polzer, P. / Lustig, A. / Welte, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Dimerization of TonB is not essential for its binding to the outer membrane siderophore receptor FhuA of Escherichia coli. 著者: Koedding, J. / Howard, P. / Kaufmann, L. / Polzer, P. / Lustig, A. / Welte, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qxx.cif.gz | 27.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qxx.ent.gz | 17.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/1qxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/1qxx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ihrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the dimer is generated by symmetry operations in P6422 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8563.893 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 164-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TONB / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02929 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Sodium formiate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→26.44 Å / Num. all: 5019 / Num. obs: 4052 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.68 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 19.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / Num. unique all: 409 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IHR 解像度: 2.7→26.44 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.44 Å
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拘束条件 |
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