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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qha | ||||||
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タイトル | HUMAN HEXOKINASE TYPE I COMPLEXED WITH ATP ANALOGUE AMP-PNP | ||||||
要素 | PROTEIN (HEXOKINASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / GLYCOLYSIS (解糖系) / PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / mannokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation ...Defective HK1 causes hexokinase deficiency (HK deficiency) / glucosamine kinase activity / hexokinase activity / mannokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of cytokine production involved in immune response / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / peptidoglycan binding / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / 解糖系 / intracellular glucose homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrial outer membrane / 炎症 / 脂質ラフト / 自然免疫系 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Rosano, C. / Sabini, E. / Deriu, D. / Magnani, M. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Binding of non-catalytic ATP to human hexokinase I highlights the structural components for enzyme-membrane association control. 著者: Rosano, C. / Sabini, E. / Rizzi, M. / Deriu, D. / Murshudov, G. / Bianchi, M. / Serafini, G. / Magnani, M. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1998 タイトル: Expression, Purification and Preliminary Crystallographic Studies of Human Hexokinase I 著者: Sabini, E. / Rosano, C. / Capasso, C. / Rizzi, M. / Bolognesi, M. / Bianchi, M. / Serafini, G. / Bartolucci, E. / Magnani, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qha.cif.gz | 375.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qha.ent.gz | 298.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1hkbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 102624.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH ATP ANALOGUE AMP-PNP / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19367, ヘキソキナーゼ |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 糖 | ChemComp-GLC / #3: 糖 | ChemComp-G6P / |
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-非ポリマー , 3種, 468分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | 4 MOLECULES IN ALPHA-ANOMER CONFORMATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contained 0.004ml solutionA, 0.001ml reservoir solution and 0.001ml solutionB. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 0.936 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.936 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→38 Å / Num. obs: 102729 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 405442 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1HKB 解像度: 2.25→12 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |