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- PDB-1qgh: THE X-RAY STRUCTURE OF THE UNUSUAL DODECAMERIC FERRITIN FROM LIST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgh
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF THE UNUSUAL DODECAMERIC FERRITIN FROM LISTERIA INNOCUA, REVEALS A NOVEL INTERSUBUNIT IRON BINDING SITE.
要素NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
キーワードMETAL TRANSPORT / FERRITIN (フェリチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: The dodecameric ferritin from Listeria innocua contains a novel intersubunit iron-binding site.
著者: Ilari, A. / Stefanini, S. / Chiancone, E. / Tsernoglou, D.
履歴
登録1999年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
B: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
C: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
D: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
E: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
F: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
G: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
H: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
I: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
J: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
K: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
L: NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51724
ポリマ－216,84712
非ポリマー67012
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38490 Å2
ΔGint-369 kcal/mol
Surface area60820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.540, 137.500, 173.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.02534, -0.00322, -0.99967), (-0.00289, -0.99999, 0.00315), (-0.99967, 0.00281, -0.0253)30.92601, 0.14676, 31.67621
2given(-0.56524, -0.69426, 0.44554), (-0.69392, 0.10811, -0.71189), (0.44607, -0.71156, -0.54287)16.93955, 22.19773, 17.90978
3given(-0.45944, 0.69427, 0.55399), (0.69698, -0.10482, 0.70939), (0.55058, 0.71204, -0.43573)13.46489, -21.91316, 14.38429
4given(-0.20491, 0.21849, -0.95408), (0.86458, 0.49734, -0.0718), (0.45882, -0.83959, -0.29081)33.73081, -11.88506, 13.68209
5given(0.94931, -0.21652, 0.22787), (0.09265, -0.49997, -0.86107), (0.30037, 0.83854, -0.45457)-2.64692, 12.34241, 18.55365
6given(-0.46544, 0.84452, 0.26487), (-0.86353, -0.49893, 0.07336), (0.1941, -0.19458, 0.96149)18.20738, 12.1298, -2.29897
7given(-0.27795, -0.84229, 0.46184), (-0.09476, 0.50248, 0.85938), (-0.95591, 0.1951, -0.21948)12.36059, -12.03838, 33.96724
8given(-0.20941, 0.86728, 0.45163), (0.21646, 0.49152, -0.84353), (-0.95357, -0.07889, -0.29066)11.43735, 10.10695, 34.9837
9given(-0.4642, -0.86409, 0.19457), (0.84394, -0.49818, -0.19896), (0.26886, 0.07185, 0.9605)19.50842, -9.60517, -3.5069
10given(-0.28023, -0.09486, -0.95523), (-0.84316, 0.49999, 0.1977), (0.45885, 0.86082, -0.2201)34.7996, 9.82864, 12.27548
11given(0.94789, 0.09683, 0.30353), (-0.21849, -0.49583, 0.84048), (0.23189, -0.863, -0.44883)-3.86911, -9.90294, 19.56981

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要素

#1: タンパク質
NON-HEME IRON-CONTAINING FERRITIN


分子量: 18070.553 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Listeria innocua (バクテリア) / 参照: UniProt: P80725
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化pH: 5.8
詳細: PEG 1000 AT 19-25 %, MES 0.1 M AT PH 5.0-6.2, pH 5.8
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
20.1 MMES1reservoir
319-25 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8373
検出器日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 80150 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.077
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DPS

1dps


解像度: 2.35→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.219 --
all0.219 --
obs-80098 91 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14664 0 12 479 15155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.039
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14.698
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg14.698
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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