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- PDB-1qge: NEW CRYSTAL FORM OF PSEUDOMONAS GLUMAE (FORMERLY CHROMOBACTERIUM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qge
タイトルNEW CRYSTAL FORM OF PSEUDOMONAS GLUMAE (FORMERLY CHROMOBACTERIUM VISCOSUM ATCC 6918) LIPASE
要素(PROTEIN (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE)) x 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PSEUDOMONADACEAE (シュードモナス科) / CIS-PEPTIDE / CLOSED CONFORMATION / LID
機能・相同性
機能・相同性情報


トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
トリアシルグリセロールリパーゼ / トリアシルグリセロールリパーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia glumae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lang, D.A. / Stadler, P. / Kovacs, A. / Paltauf, F. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Kinetic Investigations of Enantiomeric Binding Mode of Subclass I Lipases from the Family of Pseudomonadaceae
著者: Lang, D.A. / Stadler, P. / Kovacs, A. / Paltauf, F. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a bacterial lipase from Chromobacterium viscosum ATCC 6918 refined at 1.6 angstroms resolution.
著者: Lang, D. / Hofmann, B. / Haalck, L. / Hecht, H.J. / Spener, F. / Schmid, R.D. / Schomburg, D.
#2: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of triacylglycerol lipase from Pseudomonas glumae reveals a partially redundant catalytic aspartate.
著者: Noble, M.E. / Cleasby, A. / Johnson, L.N. / Egmond, M.R. / Frenken, L.G.
履歴
登録1999年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: PROTEIN (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE)
E: PROTEIN (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1743
ポリマ－33,1342
非ポリマー401
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.980, 43.350, 140.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE) / EC 3.1.1.3


分子量: 22954.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ATCC / 由来: (天然) Burkholderia glumae (バクテリア) / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / 株: CHROMOBACTERIUM VISCOSUM
参照: UniProt: Q05489, UniProt: P0DUB9*PLUS, トリアシルグリセロールリパーゼ
#2: タンパク質 PROTEIN (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE) / EC 3.1.1.3


分子量: 10179.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ATCC / 由来: (天然) Burkholderia glumae (バクテリア) / 細胞内の位置: EXTRACELLULARGlossary of biology / 株: CHROMOBACTERIUM VISCOSUM
参照: UniProt: Q05489, UniProt: P0DUB9*PLUS, トリアシルグリセロールリパーゼ
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PARTLY DEGRADED LIPASE AS A RESULT OF UNSPECIFIC PROTEOLYTIC DIGESTION DURING PURIFICATION AND/OR ...PARTLY DEGRADED LIPASE AS A RESULT OF UNSPECIFIC PROTEOLYTIC DIGESTION DURING PURIFICATION AND/OR STORAGE PROVEN BY MALDI-TOF MASS SPECTROSCOPY MOLECULAR WEIGHT: CALCULATED -- 33091 DALTON, MEASURED -- 32839 DALTON NO OXYANION LOOP FORMATION, BUT A SLIGHT MOVEMENT OF THE LID REGION ALREADY OCCURED. THE STRUCTURE STILL REPRESENTS THE CLOSED, INACTIVE CONFORMATIONAL STATES OF THE LIPASE
配列の詳細1QGE SWS Q05489 1 - 39 NOT IN ATOMS LIST REFERENCE: THE SEQUENCE FOR PSEUDOMONAS GLUMAE DESCRIBED ...1QGE SWS Q05489 1 - 39 NOT IN ATOMS LIST REFERENCE: THE SEQUENCE FOR PSEUDOMONAS GLUMAE DESCRIBED IN FRENKEN ET AL. (1992), APPL. ENVIR. MICROBIOL. 58 3787-3791; IS IDENTICAL TO THE AMINO ACID SEQUENCE OF CHROMOBACTERIUM VISCOSUM DESCRIBED IN SHIZUOKA ET AL., 1989 (GERMAN PATENT 3908131 A1).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10 % PEG 6000, 5 % PEG 1000, 100 MM HEPES BUFFER, PH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 28124 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CVL

1cvl


解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE DISORDERED REGION (VAL 220, LEU 221 AND GLY 223) WAS NOT MODELED OR REFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1410 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.213 28058 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 1 324 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9592
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.4953
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.1932
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.8173
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1040.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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