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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qga | ||||||
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タイトル | PEA FNR Y308W MUTANT IN COMPLEX WITH NADP+ | ||||||
要素 | PROTEIN (FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOENZYME (フラボタンパク質) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / HYDRIDE TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid membrane protein complex / フェレドキシン-NADP+レダクターゼ / ferredoxin-NADP+ reductase activity / NADPH dehydrogenase activity / 葉緑体 / 光合成 / 電子伝達系 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Deng, Z. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Arakaki, A.K. / Ottado, J. / Orellano, E.G. / Calcaterra, N.B. / Ceccarelli, E.A. / Carrillo, N. / Karplus, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: A productive NADP+ binding mode of ferredoxin-NADP+ reductase revealed by protein engineering and crystallographic studies. 著者: Deng, Z. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Arakaki, A.K. / Ottado, J. / Orellano, E.G. / Calcaterra, N.B. / Ceccarelli, E.A. / Carrillo, N. / Karplus, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qga.cif.gz | 157 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qga.ent.gz | 121.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qga.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qga | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.986029, -0.044485, -0.160521), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34867.102 Da / 分子数: 2 / 変異: Y308W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 器官: LEAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P10933, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 57761 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.269 / % possible all: 96.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 224800 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.314 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Y308S:NADP+ 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rfactor Rfree: 0.363 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.339 |