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- PDB-1qbe: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qbe
タイトルBACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
要素BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
キーワードVIRUS (ウイルス) / COAT PROTEIN / RNA BINDING (リボ核酸) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / translation repressor activity / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liljas, L. / Golmohammadi, R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of bacteriophage Q beta at 3.5 A resolution.
著者: Golmohammadi, R. / Fridborg, K. / Bundule, M. / Valegard, K. / Liljas, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Bacteriophage Qb
著者: Valegard, K. / Fridborg, K. / Liljas, L.
履歴
登録1996年1月10日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _cell.Z_PDB ..._atom_site.Cartn_x / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
B: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
C: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4113
ポリマ－42,4113
非ポリマー00
水0
1
A: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
B: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
C: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,544,637180
ポリマ－2,544,637180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
B: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
C: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 212 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,05315
ポリマ－212,05315
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
B: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
C: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 254 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,46418
ポリマ－254,46418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
B: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
C: BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.27 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,272,31990
ポリマ－1,272,31990
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)477.800, 295.200, 477.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)51.05465, -36.94349, 59.77583
3generate(-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699)133.66282, -22.83234, 36.94349
4generate(-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699)133.66282, 22.83234, -36.94349
5generate(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)51.05465, 36.94349, -59.77583
6generate(-1), (1), (-1)147.77398
7generate(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, -0.5)96.71933, -36.94349, -59.77583
8generate(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)14.11116, -22.83234, -36.94349
9generate(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)14.11116, 22.83234, 36.94349
10generate(-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, -0.5)96.71933, 36.94349, 59.77583
11generate(-1), (1), (-1)73.88699, 73.88699
12generate(-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699)110.83048, 59.77583, 22.83234
13generate(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5)96.71933, 36.94349, -59.77583
14generate(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5)51.05465, -36.94349, -59.77583
15generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)36.94349, -59.77583, 22.83234
16generate(1), (1), (1)73.88699, -73.88699
17generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)36.94349, 59.77583, -22.83234
18generate(0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)51.05465, 36.94349, 59.77583
19generate(-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)96.71933, -36.94349, 59.77583
20generate(-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699)110.83048, -59.77583, -22.83234
21generate(-1), (-1), (1)73.88699, 73.88699
22generate(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699)14.11116, 22.83234, -36.94349
23generate(0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)36.94349, -59.77583, -22.83234
24generate(-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)110.83048, -59.77583, 22.83234
25generate(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)133.66282, 22.83234, 36.94349
26generate(1), (1), (1)73.88699, -73.88699
27generate(-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (0.5, 0.80901699, 0.30901699)133.66282, -22.83234, -36.94349
28generate(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)110.83048, 59.77583, -22.83234
29generate(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)36.94349, 59.77583, 22.83234
30generate(0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)14.11116, -22.83234, 36.94349

-
要素

#1: タンパク質 BACTERIOPHAGE Q BETA CAPSID


分子量: 14136.874 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage Qbeta (ファージ) / 属: Allolevivirus / 生物種: Enterobacteria phage Qbeta sensu lato / 参照: UniProt: P03615

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG20001drop
20.3-0.45 Mammonium sulfate1drop
30-0.2 Mlithium chloride1drop
45 mg/mlHEPES1drop
50.4 Msodium chloride1reservoir
650 mMTris1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 328697
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 333576 / % possible obs: 80.5 % / Num. measured all: 800000 / Rmerge(I) obs: 0.201

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3.5→15 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.304 -
obs0.304 328697
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 0 0 2808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.344
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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