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- PDB-1q9y: CRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH 8-OXOGUANOSINE CONTAINING DNA
要素
  • 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'
  • 5'-GCGGACTGCTTAC(DIDEOXYCYTIDINE)-3'
  • DNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / REPLICATION/DNA / PROTEIN_DNA COMPLEX / REPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Freisinger, E. / Grollman, A.P. / Miller, H. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
著者: Freisinger, E. / Grollman, A.P. / Miller, H. / Kisker, C.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'
P: 5'-GCGGACTGCTTAC(DIDEOXYCYTIDINE)-3'
A: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3487
ポリマ－114,7613
非ポリマー5874
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.822, 118.565, 127.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'


分子量: 5582.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SYNTHESIZER
#2: DNA鎖 5'-GCGGACTGCTTAC(DIDEOXYCYTIDINE)-3'


分子量: 4240.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA SYNTHESIZER

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA POLYMERASE / 2.7.7.7 / GP43


分子量: 104937.430 Da / 分子数: 1 / Mutation: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: 43 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 88分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 350MME11
2Calcium chloride11
3Tris-HCl11
4H2O11
5PEG 350MME12
6Calcium chloride12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 30441 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 11.0777
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.84 % / Rsym value: 0.616 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IG9

1ig9


解像度: 2.8→46.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 15.784 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.411 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27067 1533 5 %RANDOM
Rwork0.20389 ---
obs0.20726 28854 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7356 652 31 84 8123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8652.05911354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.975316480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5115901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.28279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.24841
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5481.54501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0427294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73233796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8184.54060
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 107
Rwork0.283 1975
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05031.2163-0.16074.4357-1.02281.3370.04320.08090.15370.0561-0.1016-0.5821-0.11460.21960.05840.00270.00980.01310.05450.00690.155126.202958.382331.6143
21.15630.41130.16242.072-0.17843.44070.0149-0.20790.06280.4112-0.0830.0173-0.0683-0.20020.06810.0405-0.0006-0.02850.02730.00610.02529.437735.958650.7125
31.41730.544-0.16471.4783-0.43360.7883-0.0950.4635-0.0642-0.59980.1094-0.00110.2434-0.0965-0.01450.24590.019-0.01150.16940.02450.0333-3.168349.18925.9852
41.34620.77850.37016.00420.29960.8018-0.01920.2411-0.415-0.30190.0968-0.41530.48830.1369-0.07760.25980.06250.04210.1536-0.02630.06378.98229.87417.8943
51.78560.0758-0.07472.45240.85712.5386-0.0507-0.2428-0.15120.0947-0.0130.32350.0406-0.40410.06370.04010.00680.01750.15220.07530.1525-22.144738.211936.581
66.8528-1.3238-1.53031.252-0.6223-0.0519-0.0167-0.25080.32380.02840.01620.4117-0.1146-0.13550.00040.05060.01820.00640.1257-0.03690.1201-19.280756.395628.7896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 1111 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1AC343 - 385343 - 385
3X-RAY DIFFRACTION2AC112 - 342112 - 342
4X-RAY DIFFRACTION3AC386 - 471386 - 471
5X-RAY DIFFRACTION3AC576 - 732576 - 732
6X-RAY DIFFRACTION4AC472 - 575472 - 575
7X-RAY DIFFRACTION5AC733 - 902733 - 902
8X-RAY DIFFRACTION6TA907 - 9241 - 18
9X-RAY DIFFRACTION6PB925 - 9381 - 14
10X-RAY DIFFRACTION6PG9391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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