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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q6v | ||||||
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タイトル | First crystal structure of a C49 monomer PLA2 from the venom of Daboia russelli pulchella at 1.8 A resolution | ||||||
要素 | Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Phospholipase A2 (ホスホリパーゼA2) / catalysis / isoform | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium-dependent phospholipase A2 activity / ホスホリパーゼA2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Daboia russellii pulchella (ラッセルクサリヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, N. / Pal, A. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: First crystal structure of a C49 PLA2 from the venom of Daboia russelli pulchella at 1.8A resolution 著者: Singh, N. / Pal, A. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | Sequence The five residues represent mutations in the current isoform of Phospholipase A2 structure |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q6v.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q6v.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/1q6v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fvoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13420.524 Da / 分子数: 1 / 断片: Phospholipase A2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom secretion 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ラッセルクサリヘビ) 参照: UniProt: P59071, ホスホリパーゼA2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30%PEG4000, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5412 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月23日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5412 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→20 Å / Num. all: 11071 / Num. obs: 11071 / % possible obs: 98.1 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FVO.pdb 解像度: 1.86→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 868403.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.3392 Å2 / ksol: 0.33821 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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