PDB-1q4d: S65T Q80R T203C Green Fluorescent Protein (GFP) pH 5.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q4d

タイトル

S65T Q80R T203C Green Fluorescent Protein (GFP) pH 5.5

要素

Green Fluorescent Protein

緑色蛍光タンパク質

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) /

green fluorescent protein (緑色蛍光タンパク質) / GFP /

fluorophore (蛍光色素) /

chromophore (発色団)

機能・相同性

機能・相同性情報

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Jain, R.K. / Ranganathan, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Local complexity of amino acid interactions in a protein core.
著者: Jain, R.K. / Ranganathan, R.

履歴

登録	2003年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q4d.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q4d.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q4aC 1q4bC 1q4cC 1q4eC 1q73C 1emaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1c4f-d 2okw-4 4ogs-1 2wso-d 4w74-6 2q6p-d 2awm-d 2awk-d 6ylp-d 4n3d-2 2okw-3 6xzf-1 5yr3-d 4w74-4 1jc0-2 2g3d-d 2dui-d 6grm-d 4w74-8 6ofo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green Fluorescent Protein

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.969, 62.333, 68.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green Fluorescent Protein / 緑色蛍光タンパク質分子量: 26947.422 Da / 分子数: 1 / 変異: Q80R, S65T, T203C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pRSET-B (Invitrogen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE ...RESIDUE SER A 65 IS MUTATED TO THR A 65. THR A 65, TYR A 66 AND GLY A 67 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHORE (CRO A 66). RESIDUE THR A 203 IS MUTATED TO CYS A 203.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.19 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, MgCl2, BME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8.1

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	22-26 %	PEG4000	1	reservoir
2	50 mM		1	reservoir	MgCl2
3	10 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir
4	50 mM	HEPES	1	reservoir		pH8.1-8.5
5	12-15 mg/ml	protein	1	drop
6	50 mM	HEPES	1	drop		pH7.5

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.58→25 Å / Num. all: 30578 / Num. obs: 30578 / % possible obs: 99.9 %
反射	PLUS 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs*: 0.046
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.4 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema

解像度: 1.58→25 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2938	-	Random
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.208	30578	99.9 %	-
all	-	30578	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1813	0	0	189	2002

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	angle_d
X-RAY DIFFRACTION	angle_deg	1.78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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