+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1q42 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure analysis of the Candida albicans Mtr2 | ||||||
Components | MRNA TRANSPORT REGULATOR Mtr2 | ||||||
Keywords | TRANSLATION / Mtr2 / NTF2-fold / nuclear export | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Senay, C. / Ferrari, P. / Rocher, C. / Rieger, K.J. / Winter, J. / Platel, D. / Bourne, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: The mtr2-mex67 ntf2-like domain complex: Structural insights into a dual role of MTR2 for yeast nuclear export Authors: Senay, C. / Ferrari, P. / Rocher, C. / Rieger, K.J. / Winter, J. / Platel, D. / Bourne, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1q42.cif.gz | 46.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1q42.ent.gz | 32.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1q42.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q42 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 1q40SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 22683.338 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (yeast) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P84148 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 7 Details: NaH2PO4/K2HPO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00 | ||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→25 Å / Num. obs: 19385 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 2.3 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 4.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 84 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.75 Å / Lowest resolution: 25 Å / Num. obs: 19910 / Redundancy: 2.3 % / Num. measured all: 125926 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1Q40 Resolution: 1.75→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.743 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.442 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.0269 Å / Origin y: 0.7072 Å / Origin z: 13.6453 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 12 Å / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
|