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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ptk | ||||||
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タイトル | STUDIES ON THE INHIBITORY ACTION OF MERCURY UPON PROTEINASE K | ||||||
要素 | PROTEINASE KプロテイナーゼK | ||||||
キーワード | HYDROLASE(SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Engyodontium album (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, A. / Saenger, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993 タイトル: Studies on the inhibitory action of mercury upon proteinase K. 著者: Muller, A. / Saenger, W. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988 タイトル: Three-Dimensional Structure of Proteinase K at 0.15-Nm Resolution 著者: Betzel, C. / Pal, G.P. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ptk.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ptk.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ptk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/1ptk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 171 | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 8602 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / Rfactor obs: 0.126 / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.126 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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