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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ppq | ||||||
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タイトル | NMR structure of 16th module of Immune Adherence Receptor, Cr1 (Cd35) | ||||||
要素 | Complement receptor type 1 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / Module (モジュール) / CCP / SCR / Sushi (寿司) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity ...complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of complement activation / ATP export / positive regulation of activation of membrane attack complex / plasma membrane organization / T cell mediated immunity / negative regulation of plasma cell differentiation / complement component C3b binding / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of regulatory T cell differentiation / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / plasma membrane raft / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of T cell proliferation / complement activation, classical pathway / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / virus receptor activity / 細胞骨格 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | O'Leary, J.M. / Bromek, K. / Black, G.M. / Uhrinova, S. / Schmitz, C. / Krych, M. / Atkinson, J.P. / Uhrin, D. / Barlow, P.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004 タイトル: Backbone dynamics of complement control protein (CCP) modules reveals mobility in binding surfaces. 著者: O'Leary, J.M. / Bromek, K. / Black, G.M. / Uhrinova, S. / Schmitz, C. / Wang, X. / Krych, M. / Atkinson, J.P. / Uhrin, D. / Barlow, P.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ppq.cif.gz | 394 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ppq.ent.gz | 338.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ppq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/1ppq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/1ppq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7309.326 Da / 分子数: 1 / 断片: Module 16, sushi C2 / 変異: N987T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Middle module of second copy of functional site 2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR1 OR C3BR / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P17927 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM CR1 module 16 15N,13C; 25 mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 25 mM / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 6 rounds, including filtering and checking | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |