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- PDB-1ppj: Bovine cytochrome bc1 complex with stigmatellin and antimycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ppj
タイトルBovine cytochrome bc1 complex with stigmatellin and antimycin
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ...) x 6
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, ...) x 2
  • Cytochrome bシトクロムb
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CYTOCHROME BC1 (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B (シトクロムb) / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MITOCHONDRIAL PROCESSING PROTEASE / MPP UBIQUINONE / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / STIGMATELLIN / ANTIMYCIN (アンチマイシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain ...mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / ubiquinone binding / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 3-layer Sandwich / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / リボン / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ANY / AZIDE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / hexyl beta-D-glucopyranoside / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / リン酸塩 / STIGMATELLIN A ...Chem-ANY / AZIDE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / hexyl beta-D-glucopyranoside / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / リン酸塩 / STIGMATELLIN A / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Huang, L.S. / Cobessi, D. / Tung, E.Y. / Berry, E.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Binding of the Respiratory Chain Inhibitor Antimycin to the Mitochondrial bc(1) Complex: A New Crystal Structure Reveals an Altered Intramolecular Hydrogen-bonding Pattern.
著者: Huang, L.S. / Cobessi, D. / Tung, E.Y. / Berry, E.A.
履歴
登録2003年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Other
改定 2.02017年12月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _struct_site.details
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年8月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
N: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
O: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
P: Cytochrome b
Q: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
R: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
S: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
T: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
U: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
V: Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial
W: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,10165
ポリマ－469,44420
非ポリマー18,65845
水24,6811370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area108550 Å2
ΔGint-711 kcal/mol
Surface area146890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.530, 168.748, 231.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.601077, 0.24814, 0.759692), (0.24814, -0.845651, 0.472547), (0.759692, 0.472547, 0.446729)
ベクター: -7.75066, 110.47308, -32.01405)

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要素

-
Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 6種, 12分子 ANBOFSGTHUJW

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial / Complex III subunit II


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit VI


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 9.5 kDa protein / Complex III subunit VII


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Cytochrome C1 / nonheme 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein / Cytochrome C1 / nonheme 7 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / / Cytochrome c-1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase

-
Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, ... , 2種, 4分子 ERIV

#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit IX


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit IX


分子量: 7920.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 1種, 9分子

#11: 糖
ChemComp-JZR / hexyl beta-D-glucopyranoside / hexyl beta-D-glucoside / hexyl D-glucoside / hexyl glucoside / ヘキシルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 264.315 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6

-
非ポリマー , 11種, 1406分子

#12: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#13: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド / アジ化物


分子量: 42.020 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#14: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#15: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#16: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#17: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-ANY / 2-METHYL-BUTYRIC ACID 3-(3-FORMYLAMINO-2-HYDROXY-BENZOYLAMINO)-8-HEPTYL-2,6-DIMETHYL-4,9-DIOXO-[1,5]DIOXONAN-7-YL ESTER / ANTIMYCIN / アンチマイシン


分子量: 562.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H42N2O9
#19: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#20: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#22: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: IRON-SULFUR PROTEINS, HEME PROTEINS
結晶化温度: 277 K / pH: 6.7
詳細: PEG-3350, JEFFAMINE, GLYCEROL, CACODYLATE, HEXYLGLUCOSIDE , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 6.70

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL9-110.97977
シンクロトロンALS 5.0.121
シンクロトロンALS 5.0.231.1
シンクロトロンALS 8.2.241.1808
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2002年6月26日SI(311)MONOCHROMATOR (HORIZONTAL)
ADSC QUANTUM 42CCD2002年6月30日TOROIDAL FUCUSING MIRROR
ADSC QUANTUM 2103CCD2002年10月6日FLAT MIRROR(VERTICAL)
ADSC QUANTUM 2104CCD2002年10月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(311) BENTSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE CRYSTAL SI(220)CYLINDRICALLY BENTSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3DOUBLE CYRSTAL SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4DOUBLE CYRSTAL SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979771
211
31.11
41.18081
反射解像度: 2.1→250 Å / Num. obs: 285923 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.63 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 18.689
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 2.819 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BE3 2BCC

1be3

2bcc


解像度: 2.1→93.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 5660254.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: A NUMBER OF DIFFERENT DATASETS WERE USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION IN ADDITION TO THE DATASET USED FOR THE FINAL REFINEMENT PRESENTED HERE. THE ORIGINAL MOLECULAR REPLACEMENT WAS CARRIED ...詳細: A NUMBER OF DIFFERENT DATASETS WERE USED IN THE STRUCTURE DETERMINATION IN ADDITION TO THE DATASET USED FOR THE FINAL REFINEMENT PRESENTED HERE. THE ORIGINAL MOLECULAR REPLACEMENT WAS CARRIED OUT WITH A LOWER RESOLUTION DATASET. DUE TO LARGE VARIATIONS IN THE CELL PARAMETERS, EACH NEW DATASET WAS RE-SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING A PREVIOUS MODEL. THE SAME R-FREE SET WAS USED IN ALL CASES. STRONG NCS RESTRAINTS WERE USED IN POSITIONAL REFINEMENT. THE COMPLEX WAS DIVIDED INTO 49 TWO-FOLD NCS GROUPS. SPECIFIC RESIDUES NOT OBEYING NCS WERE IDENTIFIED AND RELEASED FROM THE CONSTRAINT. NO NCS RESTRAINT ON B-FACTOR WAS USED. After refinement to convergence against the working set of reflections, the R- and R-Free values of 0.224 and 0.260 were obtained. A final round of positional minimization and restrained B-factor refinement was carried out with identical parameters but against all the data, giving an R-factor of 0.2359. The submitted coordinates are from this final non-cv refinement. Residue (GLU 12 ) and Residue (VAL 17 ) are linked together for chain B and O. Sequence assignment for this fragment is ambiguous. Sequence assignment is also ambiguous for chains I AND V.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 14181 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 285060 97.7 %-
all-288448 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 76.2121 Å2 / ksol: 0.390225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.34 Å20 Å20 Å2
2---3.71 Å20 Å2
3----8.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→93.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31181 0 998 1370 33549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.32.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 856 4.9 %
Rwork0.334 16565 -
obs--90.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR:PROTEIN_NOHYDROGEN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HETERO10.PARHETERO10.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PROSTH4.PARPROSTH4.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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