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- PDB-1plg: EVIDENCE FOR THE EXTENDED HELICAL NATURE OF POLYSACCHARIDE EPITOP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1plg
タイトルEVIDENCE FOR THE EXTENDED HELICAL NATURE OF POLYSACCHARIDE EPITOPES. THE 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE AND THERMODYNAMICS OF LIGAND BINDING OF AN ANTIGEN BINDING FRAGMENT SPECIFIC FOR ALPHA-(2->8)-POLYSIALIC ACID
要素(IGG2A=KAPPA=) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / IgG immunoglobulin complex / endosome to lysosome transport / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / エンドソーム / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / 免疫応答 / extracellular space / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / If kappa light chain / Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Evans, S.V. / Sigurskjold, B.W. / Jennings, H.J. / Brisson, J.-R. / Tse, W.C. / To, R. / Altman, E. / Frosch, M. / Weisgerber, C. / Kratzin, H. ...Evans, S.V. / Sigurskjold, B.W. / Jennings, H.J. / Brisson, J.-R. / Tse, W.C. / To, R. / Altman, E. / Frosch, M. / Weisgerber, C. / Kratzin, H. / Klebert, S. / Vaesen, M. / Bitter-Suermann, D. / Rose, D.R. / Young, N.M. / Bundle, D.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Evidence for the extended helical nature of polysaccharide epitopes. The 2.8 A resolution structure and thermodynamics of ligand binding of an antigen binding fragment specific for ...タイトル: Evidence for the extended helical nature of polysaccharide epitopes. The 2.8 A resolution structure and thermodynamics of ligand binding of an antigen binding fragment specific for alpha-(2-->8)-polysialic acid.
著者: Evans, S.V. / Sigurskjold, B.W. / Jennings, H.J. / Brisson, J.R. / To, R. / Tse, W.C. / Altman, E. / Frosch, M. / Weisgerber, C. / Kratzin, H.D. / Klebert, S. / Vaesen, M. / Bitter-Suermann, ...著者: Evans, S.V. / Sigurskjold, B.W. / Jennings, H.J. / Brisson, J.R. / To, R. / Tse, W.C. / Altman, E. / Frosch, M. / Weisgerber, C. / Kratzin, H.D. / Klebert, S. / Vaesen, M. / Bitter-Suermann, D. / Rose, D.R. / Young, N.M. / Bundle, D.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Helical Epitope of the Group B Meningococcal Alpha(2->8)-Linked Sialic Acid Polysaccharide
著者: Brisson, J.-R. / Baumann, H. / Imberty, A. / Perez, S. / Jennings, H.J.
履歴
登録1995年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Database references
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG2A=KAPPA=
H: IGG2A=KAPPA=


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7602
ポリマ－46,7602
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.140, 91.210, 141.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8
2: LYS L 44 - PRO L 45 OMEGA = 212.33 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO L 100 / 4: CIS PROLINE - PRO L 146 / 5: CIS PROLINE - PRO H 151 / 6: CIS PROLINE - PRO H 153 / 7: CIS PROLINE - PRO H 193

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要素

#1: 抗体 IGG2A=KAPPA=


分子量: 23737.297 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT THAT BINDS POLYSIALIC ACID / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S16112, UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 IGG2A=KAPPA=


分子量: 23022.732 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT THAT BINDS POLYSIALIC ACID / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01865
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16.7 mg/mlFab1drop
316-18 %PEG40001reservoir
40.1 MHEPES1reservoir
50.1 Mammonium sulfate1reservoir
60.01 M1reservoirNaN3
2reservoir solution1drop0.006 ml

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年4月24日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. all: 10611 / Num. obs: 10590 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 87625

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→6 Å / σ(I): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.164 -
obs0.164 11503
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 0 34 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.040.052
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.060.065
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.1250.125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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