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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pjw | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the Domain III of the Japan Encephalitis Virus Envelope Protein | ||||||
要素 | envelope proteinエンベロープ (ウイルス) | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / flavivirus / JEV / E protein / epitope mapping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wu, K.P. / Wu, C.W. / Tsao, Y.P. / Lou, Y.C. / Lin, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of a Flavivirus Recognized by Its Neutralizing Antibody: SOLUTION STRUCTURE OF THE DOMAIN III OF THE JAPANESE ENCEPHALITIS VIRUS ENVELOPE PROTEIN. 著者: Wu, K.P. / Wu, C.W. / Tsao, Y.P. / Kuo, T.W. / Lou, Y.C. / Lin, C.W. / Wu, S.C. / Cheng, J.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pjw.cif.gz | 481.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pjw.ent.gz | 413.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pjw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11769.368 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain III / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) 属: Flavivirus / プラスミド: PET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9J0X3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 2.3mM JEV domain III protein, N15-C13 labled and N15-labled, 136mM NaCl, 2.68mM KCl, 10mM Na2HPO4, 1.76mM KH2PO4 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 957 restraints, 717 are NOE-derived distance constraints, 194 dihedral angle restraints,46 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |