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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pd2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE COMPLEX WITH GLUTATHIONE | ||||||
要素 | HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE / PGDS / GST / SIGMA-CLASS GST | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / calcium ion binding ...Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / 薬物代謝 / プロスタグランジン-Dシンターゼ / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Miyano, M. / Ago, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase. 著者: Kanaoka, Y. / Ago, H. / Inagaki, E. / Nanayama, T. / Miyano, M. / Kikuno, R. / Fujii, Y. / Eguchi, N. / Toh, H. / Urade, Y. / Hayaishi, O. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: Erratum. Cloning and Crystal Structure of Hematopoietic Prostaglandin D Synthase 著者: Kanaoka, Y. / Ago, H. / Inagaki, E. / Nanayama, T. / Miyano, M. / Kikuno, R. / Fujii, Y. / Eguchi, N. / Toh, H. / Urade, Y. / Hayaishi, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pd2.cif.gz | 113.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pd2.ent.gz | 89.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pd2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.969084, 0.134643, 0.206756), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23323.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 器官: SPLEEN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC / 遺伝子 (発現宿主): DE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 参照: UniProt: O35543, プロスタグランジン-Dシンターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 18% (W/V) PEG 6K, 100 MM AMMONIUM CITRATE 5MM CACL2, 10MM DTT, 2% (V/V) 1,4-DIOXANE PROTEIN SOLUTION: 7.3 MG/ML PROTEIN (50 MM TRIS-HCL [PH 7.5]) ...詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 18% (W/V) PEG 6K, 100 MM AMMONIUM CITRATE 5MM CACL2, 10MM DTT, 2% (V/V) 1,4-DIOXANE PROTEIN SOLUTION: 7.3 MG/ML PROTEIN (50 MM TRIS-HCL [PH 7.5]) EACH 4 UL WAS MIXED FOR DROPLET | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22.5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 77899 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→6 Å / 交差検証法: PROCHECK / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 % |