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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pbk | ||||||
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タイトル | HOMOLOGOUS DOMAIN OF HUMAN FKBP25 | ||||||
要素 | FKBP25 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / FKBP12 HOMOLOGOUS DOMAIN OF HFKBP25 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FK506 binding / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / signaling receptor activity / RNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, J. / Hung, D.T. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996 タイトル: Structure of the human 25 kDa FK506 binding protein complexed with rapamycin. 著者: Liang, J. / Hung, D.T. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of the Rapamycin Human Immunophilin Fkbp-12 Complex 著者: Van Duyne, G.D. / Standaert, R.F. / Karplus, P.A. / Schreiber, S.L. / Clardy, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pbk.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pbk.ent.gz | 31.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pbk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/1pbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/1pbk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12959.964 Da / 分子数: 1 / 断片: FKBP12 HOMOLOGOUS DOMAIN, RESIDUES PRO 109 - ASP 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21(DE3) / 遺伝子: HUMAN HIPPOCAMPAL CDNA LIBRARY / プラスミド: PGEX-3X 遺伝子 (発現宿主): HUMAN HIPPOCAMPAL CDNA LIBRARY (CLONTECH, PALO ALTO,CA) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) (NOVAGEN) / 参照: UniProt: Q00688 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | RECOMBINANT HFKBP25 IS AN UNSTABLE PROTEIN AND DEGRADED RAPIDLY FOLLOWING THE PURIFICATION. WITH ...RECOMBINAN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年12月28日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 7539 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 7520 / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 24730 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 7334 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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